《海底两万里》中的尼摩船长是一位科学家，他制造潜水艇，研究海洋，博学睿智。他在海洋里做各种试验，例如亲自潜入海底测量海水的感电作用、颜色、透明度和不同深度海水的温度、含盐等，得出准确结论，并把研究成果用几种语言写成手稿，准备装进漂流瓶，奉献人类。他以勇敢智慧使鹦鹉螺号一次次死里逃生。读者往往被这些有趣的科学试验、奇幻的海底世界和险怪的经历所吸引，而忽略了更有价值的情节，正是这些似乎不经意穿插其中的关键情节，连城一条暗线，让我们看到了神秘的尼摩船长更为重要的一面。
         尼摩船长生活俭朴。尼摩船长的潜水艇总造价约四五百万法郎，阿罗那克斯惊奇地问:“您一定十分富有吧？”“十分富有，先生，我可以毫不犯难地把法国的上百亿债务还清。”可是他的房间“陈设简单朴素，几乎像修道士的房间，一张小铁床、一张写字台、几件梳洗用具。”
       尼摩船长非常仁慈。尼摩船长救了落水的学者阿罗纳克斯、仆人孔塞伊和捕鲸手内德兰德。在托雷斯海峡潜水艇搁浅时，在不可能暴露的情况下，允许阿罗纳克斯三人上陆玩两天，饱览热带风光，享受打猎野炊之趣。当他们引来土人的围攻，尼摩船长没有生气，更没有伤害土人，只是用金属电缆通到平台，吓跑了他们。
      尼摩船长情深意重。在东经105度、南纬15度海域第一场海战后，一位艇员脑部受重伤牺牲，船长非常伤心，“尼摩船长的手颤抖起来，眼里也溢满了泪水。”他留在垂危病人身边，第二天，他亲自把这位同伴埋葬在珊瑚国，“这时候，抬尸体的艇员们走近前来。尸体用白色麻布裹着，被放进灌满水的墓穴中。尼摩船长双手呈十字形搂抱着，死者生前的朋友们都跪倒在地，祈祷着。”“墓穴随即用刚挖出的土给填上了，形成了一个不太大的坟头，坟墓完成后，尼摩船长及其艇员便站起身来，再次跪倒，做最后的告别。”“‘他将被众人遗忘，但我们却不会忘记他的！珊瑚虫将会尽职尽责地把我们那些死去的人永远封闭起来的！’艇长突然以颤抖的手掩面，想止住悲声，但却未能如愿，他抽泣着说道，‘那离波涛汹涌的海面数百尺的地方，就是我们静谧的墓地！……不会受到鲨鱼以及人的打扰！’"在大西洋留卡斯群岛附近鹦鹉螺号大战章鱼，一位艇员被章鱼缠住吸进大海，尼摩船长满身血污，一动不动地站在舷灯旁，凝视着吞噬了他的一个伙伴的大海，大滴的泪珠儿从他的眼眶里滚了出来。
         尼摩船长同情善良的弱者。在高纬度的南大西洋海域，正是风和日丽的秋季，遇到南极长须鲸，捕鲸手内德兰德要捕捉，尼摩船长说:“内德先生，您的那些同行无故滥捕南极鲸和露脊鲸这种善良无害的动物，是应该大加谴责的，正是他们的这种行为，导致巴芬湾里的鲸鱼越来越少，最后必将使得这种有益的动物绝迹的。所以，您还是发发善心，让这些可怜的长须鲸平平静静地活着吧。即使没有您的搅和，抹香鲸、箭鱼、和锯鳐这些长须鲸的天敌已经够它们受的了。”“抹香鲸是一些残暴有害的家伙，对它们倒是应该格杀勿论。”然后助战长须鲸屠杀抹香鲸，场面惊心动魄，尼摩船长说:“这是对恶贯满盈的可恶的动物的屠杀，鹦鹉螺号并不是刽子手的一把屠刀。”
        尼摩船长憎恶专制强权。"尼摩"意为"不存在的人"，他没有国籍，以海洋为祖国，他自认为是"已经与人类断绝了关系的人"，"摆摊世俗沉重的羁绊""不再遵循那个人类社会的法则"，他怀着对大海的深情和对独裁强权的愤怒宣称:"海里环境十分平和，大海不属于独裁者。在海面上，独裁者们还可以运用极其不公平的规则，他们可以在海上相互争斗，厮杀，把陆地上的种种暴行带到海上来。但是，在海面以下三十尺的地方，他们的权力就使不上了，他们的影响也就消失了，他们的威势便荡然无存了。啊！先生，到大海里来生活吧！生活在海上吧！人只有在海洋里才是独立的！在这里，我不听命于任何人！在这里，我是自己的！"他鄙视世俗:“这只不过是使人摆脱掉世俗沉重的羁绊，可人们还以为那是自由哩。摆脱掉这种枷锁，也许并不像你们想象的那么难。”他的潜水艇和他的脚步绝不靠近海岸，他就是这么孤高固执，自信骄傲，他已经把潜水艇、同伴和自己都交付给了大海。在瓦尼可罗群岛，尼摩船长观察着环球航行的拉彼鲁兹遇难船体残骸，“对于成员来说，这样的死可以说虽死犹荣，死得其所也！”尼摩船长感慨地说，“这座珊瑚基地实在是很幽静的，但愿我和我的同伴们不会葬身别处！”
       在南极点，尼摩船长插上一面绣着色“N”的平纹布黑色旗，“N”是尼摩名字的第一个字母，也是鹦鹉螺号潜水艇的第一个字母。尼摩船长转身朝着在海面上尚撒着一抹余晖的太阳，大声呼喊:“再见吧，太阳！在这片未被冰封的大海下面沉睡吧，让六个月的漫漫长夜的阴影降临在我的新领地上吧！”尼摩船长用这种方式表达对这片没有暴力专制统治的领域的热爱。
       尼摩船长援助被压迫民族的反抗斗争。在锡兰采珠场，船长和鲨鱼搏斗，救下了可怜的釆珠人，还送给他一包价值连城的珍珠。他对穷苦人充满同情地说:"釆珠人能够在水下呆的时间平均约为三十秒，他们就是在这短短的三十秒时间里，把釆到的珍珠忙忙地装进小网袋里，赶紧浮出水面。这些釆珠人一般都活不了多大岁数，他们视力衰退，眼底出血，身上满是伤疤，尤为严重的是，还常常会在水下中风。""那个釆珠人，教授先生，是被压迫民族的居民，我是心向被压迫国家的人民的，只要我还有一口气，我就永远地站在被压迫国家的人民的一边！
       他把从海底打捞的金条成箱地秘密送给被压迫民族，支持他们的民族解放斗争。在希腊群岛的克里特岛附近，经一位勇敢的潜水者联络，尼摩船长把一箱金条送到岛上，支持希腊人民反抗土耳其专制统治的武装起义。
       鹦鹉螺号向大西洋北部航行，到遥远的英格兰岛顶端和索灵群岛之间的兰兹岛，在这里逡巡求索，原来是要凭吊一艘沉船，尼摩船长向阿罗纳克斯解释说:“这条船原先名为马赛人号。船上装备着七十四门加农炮，一七六二年下水。七十四年前的这一天，就是在这儿，在北纬47度24分、西经17度28分这个地点，这艘船经过英勇激战，折断了三根桅杆，船体被炮火击穿，海水呼呼地涌进船舱，三分之一的水兵失去了战斗力，但全舰三百五十六名水兵宁愿葬身海底也绝不投降，他们把国旗钉在船尾，高呼着‘共和国万岁！’沉入海底。”阿罗纳克斯大声说道:“是复仇者号！”“正是！先生，是复仇者号！多么响亮的名字！”尼摩船长双臂搂抱在胸前，低声喃喃地说道。   
       尼摩船长在海上坚决而勇敢地同敌人作战。在暴风雨来临时，尼摩船长昂首挺胸地站在平台上，迎着飓风雷电，岿然不动。为了防备滔天巨浪把自己冲走，他使用缆绳将腰身捆在平台栏杆上。他就是用这种顽强搏击的精神同敌人做斗争的。
       尼摩船长的潜水艇两次受到没有国旗的敌国大型战舰的攻击，第二次，尼摩船长怒不可遏:“好呀！让你知道知道我是谁，你这该死的国家来的可恶的船！你以为不挂上国旗我就认不出你来了！你给我睁大了眼睛瞧瞧，看我是什么旗帜！”下令挂上和插在南极一样的黑旗，和他的艇员们怀着不共戴天的仇恨，仍然用冲撞的决绝方式顽强还击，阿罗纳克斯看到敌舰下沉爆炸，敌人被彻底地消灭了。尼摩船长走进自己的房间，“在他的房间顶里面的壁板上，在他所崇拜的那些英雄的肖像下面，我看到了一张照片，上面是一位年轻绰约的女子和两个孩子。尼摩船长注视了他们几分钟，然后，他向他们伸出了双臂，跪倒在地，哽咽抽泣起来。”由此，我们猜测尼摩船长的身世:一位反抗大国侵略的民族英雄，战斗失败，妻儿被害，祖国沦为殖民地，他带着家仇国恨，和战友隐藏海洋，一面环球探险科研奉献人类，一面与围追堵截的强敌继续战斗，一面用打捞的财宝支持祖国以及全世界被压迫民族的解放斗争。

        伟大的作者凡尔纳借阿罗纳克斯之口，不时流露出对尼摩船长的由衷赞美:
       在锡兰马纳尓岛救助了釆珠人——"尼摩船长勇气过人，无以伦比；另一个是他虽是一个跑到海底、躲避人类的海洋人，但却具有无私的献身精神。"       
       在维哥湾捞取西班牙海战沉船中的金银珠宝——"无论什么原因迫使他不得不到海底来寻找自由，但他首先还是一个人！他的心依然在为人类的苦难而悲痛和忧伤，他仍然对所有受奴役受迫害的种族和个人怀着仁慈的爱。"
       书末——“但愿那个执着正义之剑的尼摩船长全身而退，而那个学者的尼摩船长继续在海底进行他的探索研究！他的命运虽离奇怪诞，但他却是崇高无比的！”