软件安装：

主要是编辑系统文件：

PREFIX = /gpfs02/home/jingjing/software/HiC-Pro-master

BOWTIE2_PATH = /gpfs01/software/bio/bowtie2-2.2.4

SAMTOOLS_PATH = /gpfs01/software/bio/samtools-1.7

R_PATH = /gpfs02/software/general/R-3.5.0/bin

PYTHON_PATH = ~/miniconda2/bin/

CLUSTER_SYS = LSF

安装：

make configure

make install

软件使用：

https://yiqixie.com/d/loadimage?id=-7922940130979783570

其实思路大概包含以下几步：

比对，过滤，挑选，建立contract map，然后做normalization

优点：

1. 在处理比对结果的时候加入了并行化，其实是抄概念，就是分割比对结果，多核处理。

2. 在处理reads的时候，多处理了一部分junction reads的情况。

3. 在存储最终结果的时候采用了sparse 矩阵来降低存储需求。

4. 多了一个点 就是 处理SNP分成父母本的情况。

运行：

1. 准备index文件

bowtie2-build 1.fa,2.fa,...,MT.fa human_GRCh37

2. 准备annotation文件

主要有两个：

第一个是：HindIII_resfrag_hg19.bed   主要通过软件包里面script

生成

python /gpfs01/software/bio/HiC-Pro-2.11.0/HiC-Pro_2.11.1/bin/utils/digest_genome.py -r hindiii -o HindIII_resfrag_hg19.bed /gpfs02/home/jingjing/software/hicup_v0.7.1/test_dataset/genome/all.fa

第二个是基因组每个常染色体长度文件，chrom_hg19.sizes

这个主要通过：java compute_lenght_scaffold all.fa chrom_hg19.sizes

https://yiqixie.com/d/loadimage?id=-5450699779765260981

3. 编辑配置文件

https://yiqixie.com/d/loadimage?id=7088495360904959999

https://yiqixie.com/d/loadimage?id=6174709079150370016

主要需要编辑的地方：

1）：index的位置

2）：index的名字

3）：genome size文件

4）：genome fragment文件

4. 运行HiC-pro

/gpfs01/software/bio/HiC-Pro-2.11.0/HiC-Pro_2.11.1/bin/HiC-Pro -i test_data/ -o HiC-Pro_testop_2.11.1_all -c config_test_latest.txt  其中参数i是原始数据位置，但是数据要分级存放

https://yiqixie.com/d/loadimage?id=-2753044411908684459

运行过程中的进度都会显示。