关于数码宝贝世界的历史，有人说：
十九世纪中叶，在一个异次元空间形成了数码世界的疆土，有法易路岛、沙拔大陆以及东北方向的捷亚曼岛。
1860，十五位少年（代表着十五徽章）坐船发生意外，从麦哲伦海峡进入数码世界的捷亚曼岛。那里有动物，都是从地球过去的，当时法易路岛、沙拔大陆还是苍凉一片，没有任何生物。（注意，03中关于数码起源是不正确的！）他们的徽章分别是：勇气友谊希望诚实知识纯真爱心光明善良谦虚秩序孝顺正直毅力忠诚。
1862年，十五位战士回到地球。他们并无数码宝贝伙伴，但是拥有徽章精神。他们被称为第一批“被选中的孩子们（下面称数码战士）”。
1871年，二十八位少年从世界各地到达数码世界，和那里的“魔族（不是数码宝贝）”作战。他们创造了二十八只最初的数码宝贝。打败魔族后，将其封印在沙拔大陆的中心。之后，他们和进化的数码宝贝合体，形成“二十八神将”。
1872年冬，二十八神将创造了四圣兽。
然后有两种说法：
一，魔族复苏，封印二十八神将。四圣兽再次赶走魔族，创造了十二神将，让他们守卫沙拔大陆疆土，又创造了很多数码宝贝。二十八神将则被尘封。
二，魔族离开了数码世界。四圣兽在二十八神将中选出十二个，守卫四境，其余则作为部分孩子们的数码宝贝。（如祭师兽等等）。
其后，四圣兽将十五种精神削为十种，有相似性的保留一个。孝顺并入爱心，忠诚并入诚实，正直并入善良，毅力并入勇气，秩序并入知识。
再以后，每五到八年，就有一批数码战士（十个），进入数码世界打败魔族的残余势力。
但是在二十一世纪，魔族大部队准备重新入侵，借助日本作为总部，联络朝韩，在中国建立秘密基地，遍及河北、山东以及东三省。在北欧也有。
不得已之下，四圣兽从日本招来九名坦穆（驯兽师的音译），利用十二神将考验他们（并非神将和他们真正作战，后来圣兽也将神将复活），连同数码战士、数码将军（年龄较大，来自世界各地的救援部队）和十名数码斗士，一同和魔族对抗。
二十八神将（顺时针）：
东方：箕水豹、尾火虎、心月狐、房日兔、氐土貉、亢金龙、角木蛟

南方：轸水蚓、翼火蛇、张月鹿、星日马、柳土獐、鬼金羊、井木犴

西方：叁水猿、觜火猴、毕月乌、昂日鸡、胃土雉、娄金狗、奎木狼

北方：璧水嵛、室火猪、危月燕、虚日鼠、女土蝠、牛金牛、斗木豸
按这个顺序，十二生肖（神将）刚好对准！
这是二十八星宿，就是最早的神将。
伯里安就是友谊，德诺班就是勇气，戈尔登就是知识……
最后，数码世界终于把军事安排为：十个数码战士，十将军十斗士九坦穆（驯兽师），还有五个火星团成员。

但，也有人说：
圣经中的出的数码宝贝历史是：
上古时代,数码世界人和兽两族互相交战,后来某位神(六翅兽)出现,平定了数码世界,后来那位神(六翅兽)越来越残暴,出现了10位勇者(10斗士)打败了那位神(六翅兽).三位大天使(炽天使究级天使兽,座天使神圣天女兽,智天使基璐法,也就是基璐比兽)首先苏醒,把权利分开10位勇者留下的10个精神基璐比5个,究级天使兽有最强大的2个,神圣天女兽有3个.
后来基璐比叛变：
3大天使都回到了成长期,但是他们把他们的一部分残余力量封印在了数码世界的核心部分，1部分创造了4圣兽以及12神将,剩下的创造了古乐兽……

现在……