主建筑扎仓，藏语依意为僧院，是僧众学习经典、修研教义的地方。后殿供有宗喀巴、弥勒佛、七世达赖铜佛，高三丈有余，直通上层。中层有拉康八间，分别为诸神殿、护法殿、堪布室、静室、膳室等。前楼客厅供贵宾宴会及观赏"羌姆"(面具)舞时使用。顶层正楼设精舍佛堂，供奉五世达赖、七世达赖佛像，以及贝叶经卷、唐卡、传世法器等。佛堂正南为高耸的钟鼓楼，清晨、正午、黄昏击鼓报时，声闻十里。

寺院建筑可以说荟萃了藏族宗教文化的精华，建筑金碧辉煌，造型丰富多彩的镀金铜瓦，殿宇宝角兽吻飞檐，扎仓大殿宽敞恢宏殿，殿中供奉的诸多佛像:昆塔高大神圣，两侧西厢的壁画雕饰精美琳琅，这里显现着佛法的深固，这里诠释着佛经的丰富内涵，这里是响彻着佛普渡众生的布道，这里是佛光充溢的殿堂。

扎仓的下属僧侣组织就是"康参"，藏语意为僧团，即按僧侣籍贯或来源地的地域划分，将大寺僧侣划分为若干团体，形成教区区域性组织。康参由老僧主持，下设念哇、格干等办事人员，相对独立地管理教区的行政、宗教、经济事务。松赞林寺的八大康参为:独克康参、扎雅康参、东旺康参、绒巴康参、洋朵康参、结底康参、卓康参、乡城康参。