斯科普里位于巴尔干半岛中部，北马其顿北部的斯科普里地区，约位于贝尔格莱德和雅典两城市连线的中点位置。瓦尔达尔河的源头位于戈斯蒂瓦的附近，流经斯科普里之后再经过北马其顿南部达到北马其顿和希腊的国境，最后流入爱琴海。瓦尔达尔河谷几乎都由丘陵和山地构成。斯科普里市区东西宽23公里，南北长9公里。平均海拔有225米。斯科普里市区面积有1854平方公里。