人身上的DNA都是成对的（总共23对），一个从父亲来的，一个从母亲来的。对于DNA的某一区段，也就有两个等位基因（Allele），分别来自父母亲。就象上面的图所描绘的一样，父亲有两个等位基因P1P2，母亲有两个等位基因M 1M2。子代分别从父母那儿得到各一个等位基因。这个传递的过程是随机的，也就是P1和P2各有一半的可能传递给子代。

所以如果有P1P2和M1M2的父母，得到P1M1的孩子的概率就是1/4，因为父亲有1/2的可能传递P1，母亲有1/2的可能传递M1，两个事件同时成立，于是相乘得到1/4。

       但如果假定P1P2不是真正的父亲，当然我们还是认定M1M2是真正的母亲，否则问题就比较搞了，^_^。于是从等位基因上看M1只能从母亲那儿来，因为母亲没有P1，于是确定母亲的传递概率是1/2。再看那个P1那儿来的呢？我们只能假定是群体中的一个随机的人，也就是要看P1在群体中出现的概率。这个概率通常是通过采样N多人得到的，比如就采用了两个人，一个人是P1P2，另外一个是P2P3，于是P1在群体中的概率是1/4。回头在来看图示中子代身上的P1，我们假定P1在群体中的概率是Pr(P1)。于是有M1M2的母亲和一个随机的父亲，得到P1M1的孩子的概率就是(1/2)* Pr(P1)。

       最后我们要比较假定P1P2是真正父亲和不是真正父亲的概率，怎么比呢，除一除就行了，(1/4) / [(1/2)* Pr(P1)] = 1/(2 Pr(P1))，这个比率叫做Paternity Index (PI)。Pr(P1)越小，这个PI就越高，也就是P1P2越有可能是真正的父亲。如果Pr(P1)＝0.1，PI就等于5，意思就是说P1M1是P1P2的亲生孩子的概率是P1M1和P1P2没有父子关系的概率的5倍。当然5倍这个数字实在不够说服力，于是乎我们多在DNA上取些区段，如果每个都是5倍的话，10个区段就是5¹⁰，等于9765625，还是不够说服力？那么就继续加。现在市场上的产品一般都至少有13个CODIS的STR（也就是刚才说的区段），通常再加一些，多的能到20多个，总之能让PI达到10¹²以上，也就是全世界就他最有可能是你老爸了，^_^

       这儿提到的是最简单的情况，还有其他许多因素，比如突变（Mutation）, 群体差异（Population Substructure），最小基因频率，会影响到最终的PI值。