在接下来的九年之内，皮克斯制作拍摄了《虫虫危机》（1998）、《玩具总动员2》（1999）、《怪兽电力公司》（2001）、《海底总动员》（2003）、《超人总动员》（2004）以及《赛车总动员》（2006）等片。这六部电影在全世界的总票房收入超过三十二亿元美金。《虫虫危机》打破了之前美国感恩节周末的票房纪录，在全美创下超过一亿六千三百万元美金的票房收入，在全世界的总票房则有三亿六千三百万元美金。

 

《玩具总动员2》打破了美国、英国以及日本等地的上映首周票房纪录，成为1999年最卖座的动画片，另外还赢得金球奖音乐剧或喜剧类最佳影片。《怪兽电力公司》在全美上映仅仅九天就创下超过一亿元美金的票房，而上映首周周末三天的六千两百六十万元美金票房也在当时创下动画片史上首周周末三天累积票房最高的纪录，全球票房收入则超过五亿两千五百万元美金。

 

《怪兽电力公司》写下的票房纪录在18个月后被《海底总动员》打破。《海底总动员》在全球的票房收入高达八亿六千四百万元美金，成为影史第二名最卖座的动画片，仅次于《史瑞克2》，另外也获得奥斯卡最佳动画长片奖。《超人总动员》仍然延续皮克斯出品动画叫好又叫座的好成绩，在美国上映首周周末的票房收入超过七千万元美金，全球票房超过六亿三千一百万元美金，成为所有皮克斯出品动画中票房收入第二高的动画片，此外《超人总动员》也赢得奥斯卡最佳动画长片奖以及最佳音效剪接奖。而由约翰拉萨特再度执导的《赛车总动员》则获得两项奥卡提名，包括最佳动画长片，另外也获得金球奖最佳动画长片奖。

 2006年1月，迪斯尼片厂宣布收购皮克斯，从2006年5月开始，皮克斯正式属于迪斯尼集团的一部分，而员工总人数已经达到850人。

 

 2007年暑假，皮克斯推出第八部动画片《料理鼠王》，除了获得奥斯卡最佳动画长片奖之外，另外还获得四项奥斯卡提名。2008年暑假上映的《机器人总动员》，上映首日票房就高达两千三百万元美金，上映首周周末票房收入就有六千三百万元美金，此外也再一次赢得奥斯卡最佳动画长片奖。

 2009年暑假，皮克斯推出第十部动画片《飞屋环游记》，这也是皮克斯的第一部数位3D立体动画电影，5月中在戛纳影展开幕首映后，同样广获好评。《飞屋环游记》的导演彼特·达克特是皮克斯动画片厂的元老级成员之一，他曾经参与皮克斯的第一部动画电影《玩具总动员》的创作，同时也执导过《怪兽电力公司》，是皮克斯相当重要的成员。《飞屋环游记》的故事是叙述78岁的老先生卡尔为了信守对过世爱妻的承诺，决定带着他与爱妻亲手建造的房屋启程冒险去！他将自家的房子绑上数以万计的汽球，一飞冲天向梦想中的世外桃源─仙境瀑布─前进！没想到，前一天在卡尔先生屋子的前廊一直对他纠缠不清的8岁小童子军小罗，也意外被带到40,000英尺的高空上，卡尔先生只好开门让他进屋来，于是一个78岁的老先生和一个8岁的小男孩便一起展开一场未知的天外探险之旅。

 约翰·莱斯特曾经表示过，皮克斯的每一部动画除了希望能在电脑动画技术上不断开发新的视觉感受之外，在故事上则希望秉持一贯的主题─自我的成长与改进以及友谊和家庭的重要。《飞屋环游记》不仅以最先进的数位3D技术让观众更真实地体验身历其境的感受，在剧情的铺陈和角色的塑造上也仍然维持皮克斯动画的特色，融合了温馨、幽默以及刺激。

 

 走过半个世纪的皮克斯动画片厂，在未来还有更多的计画要呈现给观众，首先最受喜爱的皮克斯代表作《玩具总动员》以及《玩具总动员2》要以数位3D立体版本重新上映，接着于2010年暑假推出数位3D立体动画《玩具总动员3》（Toy Story 3），牛仔胡迪和太空战警巴斯光年又将带着其他的玩具好友们动起来。
 另外，2011年暑假将推出3D立体动画《Newt》，叙述地球上仅存的一只雄蓝脚蝾螈和一只雌蓝脚蝾螈被科学家强迫交配繁衍后代，但是他们却互看对方不顺眼的故事。2011年圣诞假期将推出3D立体动作冒险动画《The Bear and the Bow》，由《埃及王子》、《狮子王》的导演布兰达·查曼执导，幕后配音演员包括瑞茜·威瑟斯庞（Reese Witherspoon）和艾玛·汤普逊（Emma Thompson），以苏格兰高地为背景，叙述一位个性鲁莽冲动的公主，因为她的无心之过导致父王的王国以及母后的性命陷入危险，她必须设法战胜大自然不可预知的力量以及古老黑暗的诅咒，拯救王国与母后。2012年暑假将推出数位3D立体动画《赛车总动员 2》，赛车界的超级巨星“闪电麦坤”又将驰骋大银幕。