由于单位的原因，工资标准没定下来，某新入职员工工作前两个月没发工资，在第三个月除了发第三个月的工资外，还要补发前两个月的工资，如果前两个月涉及到个人所得税，那么个人所得税是如何计算？是分月计算还是合并到一个月计算？

实务操作中其实也是有两种操作方法的，你可以自己选择。

第一种就是按月计算补扣个人所得税，这种处理方法在制作单位的工资表是很简单的，工资分开做，个税分开扣，但是纳税申报的时候会遇到问题。这种情况下，新的金税三期个税扣缴系统里无法按你计算的个税情况申报前两个月的个人所得税，因为税款所属期无法自己调整，正常申报只能申报当期的个税。这种情况下就要到地税大厅上门申报，他们可以在系统里给你把以前申报期的数据重新覆盖一遍，申报时，要将以前月份所有的员工的信息全部填写到纳税申报表中。这种情况下要按照延期情况交纳滞纳金。

第二种情况就是将所有工资全部放在一个月里合并计算个所得税，这种情况下操作倒是很简单，包括在金税三期个税扣缴系统里申报也是很简单的，把全部工资放当期申报，那样，个人所得税就会提高很多很多的。

实务中，税务局会允许你自己选择何种方法交税的，但一般情况下还是选择第一种处理方法会比较省钱，只不过公司会损失一部分滞纳金，第二种处理方法会把员工坑苦的，员工也是无法接受的。最近我实务操作过一次，选第一种处理方法交了9.91元的滞纳金，但如果选第二种处理情况，会让员工多交近2000元的个人所得税。