Clustal的使用
 1.Clustalx
 2.Clustalw
序列同源性分析：
     是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有CLUSTAL等；
Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具，由Higgins D.G. 等开发。有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，clustalx等。
CLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系；然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，对关系密切的序列进行加权；然后从最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止。

Clustalx的工作界面（多序列比对模式）

http://s7/bmiddle/4a215df7g7caa475207d6&690

Clustalx的工作界面（剖面(profile)比对模式）

http://s1/bmiddle/4a215df7g7caa49382ee0&690

Clustal的工作原理

Clustal输入多个序列>>>快速的序列两两比对，计算序列间的距离，获得一个距离矩阵。>>>邻接法(NJ)构建一个树（引导树）>>>根据引导树，渐进比对多个序列。

Clustal的应用
1.输入输出格式。
输入序列的格式比较灵活，可以是前面介绍过的FASTA格式，还可以是PIR、SWISS-PROT、GDE、Clustal、GCG/MSF、RSF等格式。

输出格式也可以选择，有ALN、GCG、PHYLIP和NEXUS等，用户可以根据自己的需要选择合适的输出格式。

2.两种工作模式。
   a.多序列比对模式。
   b.剖面(profile)比对模式。

3.一个实际的例子。
输入文件的格式(fasta)：

>KCC2_YEAST
 NYIFGRTLGAGSFGVVRQARKLSTN……
>DMK_HUMAN
 DFEILKVIGRGAFSEVAVVKMKQTGQVYAMKIMNK…….
>KPRO_MAIZE
 TRKFKVELGRGESGTVYKGVLEDDRHVAVKKLEN……
>DAF1_CAEEL
QIRLTGRVGSGRFGNVSRGDYRGEAVAVKVFNALD……
>1CSN
 HYKVGRRIGEGSFGVIFEGTNLLNN……

第一步：输入序列文件。

http://s13/bmiddle/4a215df7g7caa4a0f147c&690

第二步：设定比对的一些参数。

http://s16/bmiddle/4a215df7g7caa4ae689bf&690

参数设定窗口。

http://s15/bmiddle/4a215df7g7caa4b8d65be&690

 第三步：开始序列比对。

http://s16/bmiddle/4a215df7g7caa4c42af7f&690

http://s13/bmiddle/4a215df7g7caa4d39275c&690