通过垂直管理，将“人、财、物”的控制权由地方上收到国家，摆脱地方的干预，是近年来政府职能调整的一个趋势。
　　时至今日，在我国政府现行的管理体制中，从较早的海关、税务、工商，再到质量监督、国土等一些重要的行政部门，都已经从地方政府序列退出，改为中央或省以下垂直管理。而一直被呼吁“垂直”的对象，至少还包括审计、环保等部门。
　　古有汉景帝削藩加强中央集权，将地方权利收归中央。今有政府职能部门越来越扩大化的中央垂直管理。也是加强中央集权，弱化地方权力的一个措施。
　　在地方职能部门与地方政府发生矛盾时，职能部门因为在行政级别上听命于地方政府，致使某些法度政令无法得以顺利执行，中央一级行管部门由于没有对地方政府的约束力和行政领导，也无能为力。环保、审计等部门划归中央管理，他们在权力行驶上不再受地方政府的约束和管制，而直接听命于中央直属机关。这大大强化了中央一级机构的职能权力，把原来属于地方政府管制的行政权力给“釜底抽薪”了。
　　垂直管理从一定程度上可以解除地方政府对相关职能部门的行政干预，便于职能部门正常执法，监管和防止出现地方保护主义，以及在地方经济建设中出现的不和谐因素。就目前而言，垂直管理使其中央直属的下级部门摆脱地方政府的控制，对于加强部门执法监管的权威性、统一性，解决部门管理与地方管理尖锐矛盾、确保政令畅通有重要意义。
　　换言之，地方职能部门划归中央进行垂直管理，也说明了中央对地方政府的极大不信任。实行垂直管理后，某些职能部门不在属于地方政府管理，地方政府不能充分行使职权，某些权力被中央架空，使地方政府没有了充分灵活的权力。这必然从一定程度上影响地方政府的办事效率，引发更多地方政府和行政部门之间的矛盾。
　　垂直管理中的职能部门虽然在行政级别上已经不在属于地方管理，但是依然会在很多方面和地方政府有着千丝万缕的联系，毕竟下级直属部门是在地方政府所在的区域内。很多事情都要牵扯到地方政府和地方直属部门。
　　地方直属部门向中央直属机关负责，而地方政府向高一级政府机关负责。二者在行政级别上没有大小之分，这就容易形成一个权力制肘。一个项目两者需要两者相互协调，意见出现分歧时，就必然引发一场权力的博弈，最终容易形成相互扯皮推委误事的结果。
　　虽然垂直管理利于相关部门的综合管理和发挥效能，但是在需要政府获得直属职能部门协助时，在山高皇帝远的地方上，就容易出现腐败的真空地带。下级直属部门和地方政府的因无法形成上下的级别关系，导致相互利用而谋取私利，也是需要特别防范的一个问题。
　　垂直管理只能是在特殊时期的一个特殊管理措施，它绝不是一个长久之计。中央权利的加强，必然会造成全国行政管理上的头重脚轻现象，制约地方经济的健康发展。垂直管理必然会引发中央与地方一场无休止地政治权力上的博弈。