2013年1月28日，国家“2011计划”领导小组办公室正式发布了《关于公布2012年度“2011计划”专家初审结果的通知》（教技司【2013】35号）。其中面向科学前沿类协同创新中心8个，面向文化传承创新的有6个，面向行业产业类的有11个，面向区域发展类的有10个，共35个。两全其美网校城特邀独立评论员dudu认为，在全国首批国家级2011计划协同创新中心初步评审中，武汉大学、南京大学、西安交通大学均有2个牵头协同创新中心进入首批名单，成为最大赢家；清华大学以零个入选爆出最大冷门；西北大学、人民大学、中国政法、北外、江南大学、苏州大学、南京理工、首都医科大学、浙江工业大学、河南农业大学、湖南农大、云南农大成为黑马。以下为通过专家初审的全部35个协同创新中心和牵头高校名单：
一、面向科学前沿类的2011计划协同创新中心及牵头高校名单

地球空间信息科学协同创新中心                                               武汉大学
量子信息与量子科技前沿协同创新中心                                   中国科学技术大学
量子物质科学协同创新中心                                                       北京大学
人工微结构与量子调控协同创新中心                                       南京大学
天津化学化工协同创新中心                                                      天津大学
玉米水稻小麦生物学协同创新中心                                         中国农业大学
生物治疗协同创新中心                                                              四川大学
大陆构造协同创新中心                                                               西北大学

二、面向文化传承创新类的2011计划协同创新中心及牵头高校名单

社会转型与社会管理协同创新中心                                         中国人民大学
中国特色社会主义经济协同创新中心                                      南开大学
司法文明协同创新中心                                                              中国政法大学
中国文化“走出去”协同创新中心                                          北京外国语大学
国家领土主权与海洋权益协同创新中心                                   武汉大学
中国南海研究协同创新中心                                                       南京大学

三、面向行业产业类的2011计划协同创新中心及牵头高校名单

有色金属先进结构材料与制造协同创新中心                           中南大学
钢铁共性技术协同创新中心                                                       北京科技大学
宇航科学与技术协同创新中心                                                    哈尔滨工业大学
先进航空发动机协同创新中心                                                    北京航空航天大学
未来飞行器设计与制造共性基础技术协同创新中心                  西北工业大学
智能型新能源汽车协同创新中心                                                  同济大学
轨道交通安全协同创新中心                                                         北京交通大学
高端制造装备协同创新中心                                                         西安交通大学
煤炭资源化利用发电技术协同创新中心                                     浙江大学
食品安全与营养协同创新中心                                                   江南大学
未来媒体网络协同创新中心                                                         上海交通大学

四、面向区域发展类的2011计划协同创新中心及牵头高校名单

纳米科技协同创新中心                                                                   苏州大学
先进生物与化学制造协同创新中心                                              南京工业大学
广东高端制造装备协同创新中心                                                   华南理工大学
煤的新型高效气化与规模利用协同创新中心                               西安交通大学
脑重大疾病防治协同创新中心                                                  首都医科大学
高端医疗影像装备及应用协同创新中心                                       东北大学
绿色制药协同创新中心                                                                   浙江工业大学
中原经济区小麦玉米两熟高产高效协同创新中心                        河南农业大学
南方稻田作物多熟制现代化生产协同创新中心                             湖南农业大学
生物多样性与云南特色农业协同创新中心                                     云南农业大学