保国寺大殿重建于北宋大中祥符六年（1013年）是江南惟一保存完整北宋殿宇，比《营造法式》还要早90年。

是长江以南最古老、保存最完整的木结构建筑之一。建筑特点鲜明：厅堂式构架体系，平面布局呈正长方形，进深大于面阔；斗栱结构复杂，用材断面高宽比为3:2，达到最高出材率和最强受力效果；以小拼大的四段合瓜棱柱为中国最早的实例，柱身有明显的侧脚，既省材又牢固美观，为现存古代木构建筑中所少见；阑额两肩有卷杀，额下采用了蝉肚绰幕构件，额枋上有七朱八白彩绘。这些独特的设计使得大殿结构极为科学，除了通过保持空气流通而让殿内不结蛛网，不积灰尘，长年保持清洁之外，还使整个大殿没使用一枚铁钉，仅靠斗拱之间的巧妙衔接和精确的榫卯技术，就将各个构件牢固地结合在一起，承托起整个殿堂屋顶50余吨的重量。

汉代骠骑井尚存，位于大殿石阶前，名骠骑井，以附会汉骠骑将军舍宅为寺之说，井深10米，井口直径0.44米，旧时曾为寺院僧众生活用水主要来源，据传当年水质清冽甘甜。

唐代经幢保存完好，置于天王殿前，东侧者建于开成四年，由幢座、幢身、幢顶组成，八边形平面，幢座采用须弥座式，束腰部分每面做一壸门，内雕一佛像，座顶刻仰莲及卧龙，幢身刻陀罗尼经，幢顶于飞檐上覆一带云纹的顶盖，其上应有宝顶，已缺失。这座经幢，比例匀称，造型古朴。此幢原藏宁波慈城普济寺。西侧的另一座经幢也为唐幢，建于大中八年（854年），也为八边形幢，但比例造型不如前者。此幢原属鄞县永寿庵。据《鄞县志》载，“此幢本刻尊胜经”现字已漫漶不清。 

据《寺志》载：东汉世祖时骠骑将军张意之子中书郎张齐芳隐居于灵山，后舍宅为寺，初名灵山寺，此即保国寺的前身。

唐武宗时，灵山寺被废。唐武宗会昌二年至五年（842年－845年），官府便下令拆毁寺宇，勒令僧尼还俗。据统计当时拆毁大寺四千六百余所，小寺四万余所。灵山寺在这次灭法活动中被废。

唐广明元年（880年），宁波国宁寺僧可恭，应施主之要求，前往长安上书朝廷，请求复寺，获得批准，唐僖宗李儇赐额保国寺。

保国寺在唐创建之时，规模不大，再加上唐代晚期佛教发展缓慢，社会客观条件不够理想，寺院建筑未能存留至今。现在仅有唐代经幢在门口，是从它处搬运而来。

宋真宗大中祥符四年（1011年）德贤“复过灵山，见（保国）寺已毁，抚手长叹，结茅不忍去”。由此出任寺院住持，迎来了保国寺的第一次中兴。

宋高宗绍兴年间（1131年－1161年）僧仲卿建法堂。僧宗普开凿净土池、栽四色莲花。当时仲卿与宗浩还曾建十六观堂，在法堂西，后废。

南宋时期的这些建设项目保留至今的只有净土池。法堂位置犹存，但建筑已几经重建了。

表明它在当时的佛教寺院中已有一定地位。

明弘治六年癸丑僧清隐重建祖堂，更名云堂。明弘治年间（1488年－1505年）建清隐堂，后废。

明嘉靖年间（1522年－1566年）重修大殿。明崇祯年间（1628年－1644年）僧豫庵扩云堂基，更名玄览斋，旁设两庑、前架照厅。乾隆元年废。

明时建迎熏楼在大雄殿西。后废。在大雄殿东北隅建关房，后废。

清康熙二十三年（1684年），僧显斋、景庵重修大殿，“前拔游巡两翼，增广重檐，新装罗汉诸天等相”，同时重修法堂、天王殿。于净土池四周立石栏杆，清前明御史颜鲸为净土池填“一碧涵空”四字。

康熙五十四年（1715年），住持显斋“鸠工庀材，培偏补陷，未数年而奂仑备美”。

乾隆十年（1745年）僧唯庵、体斋对大殿“移梁换柱，立磉植楹”，并重修天王殿。

嘉庆元年（1795年）重修大殿，改装罗汉诸天等相。嘉庆十三年（1808年）移建钟楼于大殿东。嘉庆十五年（1810年）新建鼓楼在于大殿西。

宣统二年（1910年）天王殿、东客堂毁于火。宣统三年，僧一斋重建。

民国二十年（1913年）僧一斋建藏经楼五间（下层为法堂）及西侧客房楼屋十间一弄。

1954年全国文物普查时南京工学院师生发现此古建筑，后经陈从周、刘敦桢教授核实为北宋建筑。

1954年，保国寺被南京工学院师生发现，1961年被国务院公布为第一批全国重点文物保护单位，2013年被评为国家AAAA级旅游景区。

保国寺历来有“东来第一山”之誉，但它并不是以其宗教文化闻名于世，而是因为精湛绝伦的建筑工艺而令人叹为观止。保国寺历代均有增修，寺内唐、宋、元、明、清、民国的建筑各有特色，现存格局主要是清代以后奠定。

保国寺大殿重建于北宋大中祥符六年（1013年），是中国现存最古老的木结构建筑之一，也是江南惟一保存完整的北宋殿宇，比《营造法式》还要早90年，《营造法式》中的作法在保国寺可找到诸多实物例证，有些已成为中国现存古建筑中的孤例。保国寺大殿在中国建筑史上具有很高的历史、艺术和科学价值，其建筑特色对当时的日本的建筑形制产生了直接的影响，是宁波“海上丝绸之路”重要的文化遗存。