由杨时创建于北宋政和元年（1111年），后废弃；明万历三十二年（1604年）顾宪成等人重建书院并在此讲学，后被魏忠贤下令拆毁。清代书院重建，后改为东林小学。

2002年腾退小学，开辟为旅游景点。东林书院占地面积13000平方米，建筑面积2800平方米 ，有石牌坊、泮池、东林精舍、丽泽堂、依庸堂、燕居庙、道南祠等建筑。东林书院倡导的“读书、讲学、爱国”的精神，在明末引起全国学者普遍响应，使得书院声名大著；

书院在明末党争中是“东林党”成员的聚集地和来源地，是全国政治的焦点，也是江南地区人文荟萃之地、议论国事的主要舆论中心。

东林书院内悬挂的名联“风声雨声读书声声声入耳，家事国事天下事事事关心”，得到了全国民众较为广泛的认可 。

2006年5月25日，东林书院被中华人民共和国国务院公布为第六批全国重点文物保护单位。2010年，无锡市梁溪区东林书院被评为国家AAAA级旅游景区。