清晖园布局是大园包小园。清晖园的三大块大体为：

由原正门进入的东南角区，中部的旧园区，西北部近年兴建的新园区。

区域间虽有分隔，但却以游廊、甬道以及各式小门相互勾连，融为一体。以旧园区为例，其西部以方池为中心；中部偏北的船厅等是精华所在；南部的竹苑、小蓬瀛、笔生花馆等组成庭院，形成园中有园，即大园包小园的格局和韵味。

清晖园格局形成前疏后密，前低后高的独特布局，但疏而不空，密而不塞，建筑造型轻巧灵活，开敞通透。清晖园园林空间组合是通过各种小空间来衬托突出庭院中的水庭大空间，造园的重点围绕着水亭。

清晖园主要景点有船厅、碧溪草堂、澄漪亭、六角亭、惜阴书屋、竹苑、斗洞、狮山、八角池、笔生花馆、归寄庐、小蓬瀛、红蕖书屋、凤来峰、读云轩、沐英涧、留芬阁等。

在花木配置方面，园内花卉果木逾百种，除了岭南园林常用的果树，还栽种了苏杭园林特有的紫竹、枸骨、紫藤、五针松、金钱松、七瓜枫、羽毛枫等，并从山东等地搜集了龙顺枣、龙瓜槐等北京树种，其中银杏、沙柳、紫藤、龙眼、水松等古木树龄已百年有余。 

清晖园的主体建筑是船厅，是仿照珠江画舫“紫洞艇”建筑的两层楼舫。 清晖园的船厅纯为旱船，相传是模仿昔日珠江紫洞艇建成，与惜阴书屋真砚斋南楼组群，借带廊旱桥连通，以百年紫藤相系，曲折通道两侧饰以水波纹。园林中部的“船厅”是清晖园的精萃所在，是清辉园的主体建筑，船厅为二层楼屋，据说原是小姐绣阁，故又叫“小姐楼”，绣阁与南楼形成船的前舱后舱。

船厅外观为双层船式砖楼，兼备昔日珠江紫洞艇与江苏无锡寄畅园名舫之特色，各处饰以翠竹、芭蕉、蜗牛、波纹等雕刻，上下迂回的楼道，犹如登船的跳板。楼前有清池，池畔有百年紫藤，绕古沙柳树而上。船厅对面池塘边有临水建筑形成“园中有园”、“景外有景”、“步移影换”的景色，建筑形式仿苏州园林。 

船厅前有两口池塘，似将楼船浮在水中，船尾有丫环楼，船头栽有一株沙柳，柳边有一紫藤。船厅后边，还有一株白木棉树，以其花淡黄近白而称奇，另有一棵单株结果的百年银杏。与船厅跰足而建的惜荫书屋和真砚斋，惜荫书屋和真砚斋是供公子、小姐们读书的场所。 

澄漪亭与船厅互为对景，可平视房舍亭院，以及东岸花亭，还可近望远眺玉堂春以及千年活化石——银杏树。澄漪亭名为亭，实际上采用的是典型的水榭做法：临水架起平台，平台部分架在岸上，部分伸入水中，平台上建有长方形的单体建筑，临水一面是常用落地门窗，开敞通透。观者既可在室内观景，也可到平台上游憩眺望。

碧溪草堂，据传是清晖园最早建筑。早先应是龙氏供母之处，可能老人西去之后才定名 “草堂”。

在碧溪草堂明间，设有一座镂空疏竹木雕圆光罩；两侧玻璃屏门的裙板上，用隶书、篆书和鸟虫书体镌刻有四十八个形态各异的“寿”字, 称为“百寿图”。通常“百寿图”都是百字构成，而龙家子弟所作此“百寿图”只有九十六个“寿”字。草堂槛窗下嵌着一幅题为"轻烟挹露"的百年阴纹砖雕，刻有幽篁丛竹。砖雕题跋：“未出土时先引节,凌云到处也无心"，表明筑园者志向心迹。 

池廊，六角亭与碧溪草堂之间以池廊相接，池廊多半是当年龙氏老母、小姐及女眷活动之处。亭边设有"美人靠"。池廊上的每道横梁都雕有菠萝、杨桃、香蕉等岭南佳果。亭柱楹联书的是：“跨水架楹黄篱院落, 拾香开镜燕子池塘”，恰可解释六角亭“解释春风无限恨，沉香亭北倚栏杆。”（李白《清平调》）的风情。