北顶娘娘庙位于北京中轴线北延长线的北端，为北京地区著名的“五顶”之一，北顶娘娘庙曾经是北京地区信仰碧霞元君的活动中心之一，在庙内供奉有碧霞元君，这是道教中重要的女神之一，其道场位于五岳之尊的东岳泰山，也被称为泰山娘娘、泰山老奶奶，北顶娘娘庙中的“顶”字寓意娘娘庙虽然建立在京城，但依旧犹如在泰山一样灵验。

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北顶娘娘庙为明代皇家敕建的庙宇，始建于明宣德年间，清乾隆时期奉敕重修，每到碧霞元君神诞之日，北顶娘娘庙都会有庆祝神诞的庙会，四方百姓会云集到这里，烧香祭祀，祈祷许愿，除了宗教活动之外，北顶娘娘庙也是一处供当地百姓进行商品交易的集贸市场，庙市的活动一直到解放初期才中断。

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北顶娘娘庙在清末民国年间逐渐衰败，没有得到应有的保护，古建筑损毁严重，新中国成立后，寺庙被北顶小学、北顶铸造厂占用，1986年被北京市朝阳区文化文物局接管，1998年开始对遗存殿宇进行抢险修缮。

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到21世纪初北京申奥成功后，北顶娘娘庙所在的北顶村成为了奥运储备用地，北顶娘娘庙附近的民居和工厂被拆除，有传闻称北顶娘娘庙最初也在搬迁拆除之列，但在拆除过程中发生的一件怪事却使得位于娘娘庙北侧的水立方最终修改设计，向北移动了100米。

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那件怪事发生在2004年8月27日的下午，施工方在刚刚拆除两扇庙门后，鸟巢附近就刮来了一件罕见的尘卷风，这场灾害性天气将工地中的临时建筑物几乎全部摧毁，造成了多名工人受伤，这处旋风在工地附近停滞旋转了20分钟左右，但奇怪的是北顶娘娘庙却在这次袭击中完好无损，施工队伍只好放弃了拆迁计划。

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2006年，经北京市文物局批准，北顶娘娘庙的修缮工作确定为第一、第二进院落复建，后院作为遗址保护的修缮方案，在修缮主体工程竣工后，北顶娘娘庙现在作为北京民俗博物馆分馆对公众开放。

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