第二幕 第一景：萨拉斯特罗祭司长宅第内

大祭司堡中有一个奴仆长莫诺斯·塔托斯，是摩尔人。祭司长自将帕米娜捉来之后，便将她幽禁起来，命莫诺斯塔托斯监管。这时，帕米娜被锁在一间屋子中，手脚都被铁链捆住，躺在那儿哭泣。祭司长命莫诺斯塔托斯监管时，就已嘱附过他，不许他动一丝爱慕的念头。但莫诺斯塔托斯见了帕米娜之后，便情不自禁地竟生出爱慕之心。他正要向帕米娜求婚的时候，帕帕盖诺忽地闯了进来。莫诺斯塔托斯便吓得跑躲在一边，帕帕盖诺便走上前去，安慰帕米娜，并将塔米诺冒险来救她和专情倾爱她的话，都说给她听。这一段二重唱《笑与啼》，十分悠扬悦耳。

第二景 寺庙的入口

王子塔米诺由3位神侍卫引导，将他领到一个美丽的洞府中，这个洞府中有三座小庙，即智慧、自然与正义。他们规劝他要坚守三个条件，即坚定、忍耐、沉静，随后便走开了，剩下塔米诺一人在洞府中。塔米诺觉得寂寞，便试着想去敲开庙门。头两间庙门没有被敲开，到了智慧庙门前，正想伸手去敲，忽然出现一位老者。塔米诺向老者询问起来，老者这才告诉他说：这是祭司长萨拉斯特罗所住的地方。这个地方拒绝一切心怀妒恨的人，尤其是禁止存心想报仇的人出入。塔米诺很诚挚很认真地说：他来这里是要救一位姑娘，因为自己爱上了她。老者又告诉他，说那个叫他来冒险的夜女王，是一个恶魔，至于帕米娜之所以被捉到此地也是要劝她为善，使她自己得到好处。只是塔米诺有些放心不下，因为他不知道帕米娜此刻究竟有无危险。老者说不能说，因有符咒所禁。正当此时，忽有声音从各座庙中传出来，对于将帕米娜的现况说给他听，不过他须行教礼。塔米诺听了这番话，心中高兴，便将魔笛吹奏起来，一会儿林中的奇兽怪物一齐都跑了来。帕帕盖诺同莫诺斯塔托斯也来了，只是被帕米娜和女奴等所包围。帕帕盖诺无法，于是振动了神铃，诸舞女闻声便都起舞来，并逼着他们跳出去。自此塔米诺与帕米娜才初次晤面。一会儿，洞中奏起圣乐，祭司长萨拉斯托出来，应允俩人结为夫妇，只要先证明俩人是否有结合的价值。于是俩人跪在祭司长面前，祭司长取出一块黑布罩在俩人头上，并带领他们到试验的庙中去。