加载中…系统发育树构建方法【MEGA软件图文详解】
(2015-02-03 09:52:42)
标签：
mega系统发育树phylogenetictree进化 |
分类： sci攒人品ing |
一、序列文本的准备
构树之前先将目标基因序列都分别保存为txt文本文件中（或者把所有序列保存在同一个txt文本中,可以用“>基因名称”作为第一行，然后重起一行
编辑基因序列），序列只包含序列字母（ATCG或氨基酸简写字母）。文件名名称可以已经您的想法随意编辑。
二、序列导入到Mega
5软件
（1）打开Mega
5软件，界面如下
（2）导入需要构建系统发育树的目的序列
选择分析序列类型（如果是DNA序列，点击DNA，如果是蛋白序列，点击Protein）
出现新的对话框，创建新的数据文件
选择序列类型
导入序列
导入序列成功。
（3）序列比对分析
点击工具栏中“W”工具，进行比对分析，比对结束后删除两端不能够完全对齐碱基
（4）系统发育分析
关闭窗口，选择保存文件路径，自定义文件名称
三、系统发育树构建
根据不同分析目的，选择相应的分析算法，本例子以N—J算法为例
Bootstrap 选择1000，点击Compute，开始计算
计算完毕后，生成系统发育树。
根据不同目的，导出分析结果，进行简单的修饰，保存
Through
sequencing , the phylogenetic tree is illustrated by representative
sequences.
http://www.wikihow.com/Make-an-Evolutionary-Tree-(Cladogram)
How to Make an Evolutionary Tree (Cladogram)
A cladogram is a diagram showing the relationships between different organisms. It is used by biologists to create evolutionary hypotheses for various groups of organisms (such as species within a genera). The example below uses easily observable morphological characters, but more complex molecular and DNA characters can be used.
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