民国24年（1935年）3月，广东省政府决定设置保亭县，由崖县（现三亚市）的不打、六罗、首弓、三弓、抱龙峒、同甲峒、水翁峒，陵水县的保亭、六弓、七弓、乌牙峒、巅门团、百石团、五指山、七指山、水满峒、分界岭吊罗山，万宁县的税司、南桥、西峒、北峒，乐会县的竹根峒、太平峒、茄曹峒、合水园，定安县的船埠、南引图、冬加团、母端山等地组成。

1948年2月11日保亭解放，4月16日成立保亭县民主政府，县府驻地保城镇，隶属琼崖东区专员公署。同年8月，成立少数民族边海区地委和专署，保亭隶属该专署。1949年3月，白沙、保亭、乐东三县成立琼崖少数民族自治区行政委员会，同年7月保亭县民主政府改为人民政府，隶属自治区行政委员会。

1951年2月，撤销琼崖少数民族自治区行政委员会，1952年7月1日成立海南黎族苗族自治区，保亭属海南黎族苗族自治区管辖。1955 年10月，海南黎族苗族自治区改称海南黎族苗族自治州，保亭属自治州辖。1958年12月，海南黎族苗族自治州人民政府同海南行署合署办公；同年，保亭、陵水、崖县、国营兴隆华侨农场合并称崖县。1959年11月恢复保亭县，隶属海南行政公署。1962年2月，恢复海南黎族苗族自治州，保亭县隶属海南黎族苗族自治州。1987年12月，撤销海南黎族苗族自治州，同月，成立保亭黎族苗族自治县，隶属海南行政区。1988年4月，隶属海南省。