每一季第1集   远征（上）
科学家们发现大约500万到1000万年前，古人把他们整个城市带去了外星某处。以韦尔博士带领的探索队要去寻找失踪的古人，寻找一个全新的古代文明。他们试图找到这个名叫亚特兰蒂斯的城市，并且期望能找到古人。
当探险队通过星际之门后，他们发现那个处于飞马星座的城市，十分高科技，同时这个城市的完全适合人类居住，有氧气，没有有毒气气体，每个人都感觉欣喜若狂。当然他们了惊讶地发现，这个城市处于大洋深处，为什么这人处于飞马星座的亚特兰蒂斯城会是一个空城？为什么这座城市深藏于大海之下，一切都像谜一样困据着探险队的人们。
就在这里，人们在城里发现了一个古人留下的全息女子声像图，她警告说：“我们本来是要在飞马星座上生儿育女的，飞马星座上本来是没能生物的。很快新的生命开始生长和繁荣，我们和其他星球的人交换知识和友谊。很快上千个星球都结出了这种文明的果实。有一天我们踏入了黑暗的世界，那里沉睡着可怕的敌人。我们从未遇到过多我们强大的生物，我们太自负，因此没有好好准备。敌人以多袭少，对没准备的人类世界大开杀戒。最后只余下亚特兰蒂斯城。这个城市强大防卫，足以抵挡他们的武器。但是我们被攻击很多年，为了拯救最后的幸存者，这个伟大的城市被我们沉到了海底。亚特兰蒂斯的星门是连接地球和飞马星座的惟一通道。最后的幸存者通过它回到了我们的家园，并且在哪里过着幸福的生活。这个城市沉在海底，期待有一天我们能回来。”
不久城市的能源巨大消耗，整个城市不能抵挡海水的压力，浮到海面上去。