裸藻门都是无细胞壁的裸细胞。裸藻和绿藻都具有叶绿素a、b,β-胡萝卜素，3种叶黄素(绿藻还有其他种类的叶黄素和胡萝卜素但是贮存养分不同，裸藻类以特有的裸藻淀粉为主，另外还有少量的β类。

裸藻粉聚集成各种形状的裸藻淀粉体。在叶绿体中可有1个较大的蛋自质的颗体，叫造粉核，其功用与裸藻淀粉的聚集有关。繁殖方式主要的是细胞纵裂为二纵裂为二。裸藻没有无性生殖和有性生殖。

裸藻门的代表植物：海生裸藻（海产），血红裸藻、旭红裸藻（两者可使水呈绿色）。个别种为冰雪藻，形成绿雪。

裸藻也称眼虫藻属。色素体绿色，呈星状、盘状或颗粒状，具或不具蛋白核。少数种类具特殊的裸藻红素，使细胞呈红色；同化产物是副淀粉，呈杆形、环形或卵形。本属约有150种，中国现有的记录约40种。分布较广，多数产于淡水中，少数产于半咸水中，极少数生长在潮湿的土壤或冰雪上，也有寄生的种类。

　　裸藻是湖泊及池塘中常见的浮游藻类，生长旺盛时能形成绿色或红色的粘膜状水华，对池塘养鱼有不利的影响。常见的种类有绿色裸藻，血红裸藻，中型裸藻，旋纹裸藻，纤细裸藻等。其中纤细裸藻已被广泛地用作生理生化的实验材料。在某些裸藻中，如纤细裸藻和血红裸藻等，维生素E的含量比较丰富，可资药用。

裸藻门是较低等的一个类群，裸藻门、绿藻门、金藻门及甲藻门中的一些种类，在营养时期具鞭毛，因而有人将它们合称为鞭毛藻类，鞭毛藻的构造和习性兼有动物和植物的特征，因而人们把 鞭毛藻类作为动、植物的共同祖先。

大多数分布在淡水中很少有生活在海水中，常生长在有机质丰富的水体中，可作为水质污染的指示植物。在夏季，大量繁殖后会使水体呈绿色，也形成水花。人门发现，有2个属的裸藻种类生长在两栖类的消化道内。

    裸藻门又叫眼虫藻门，绝大多数种类都无细胞壁，有1-3根鞭毛，能自由游动的单细胞植物。此种鞭毛在电子显微镜下可见鞭毛上有1列螺旋排列的鞭茸,故称此种鞭毛为茸鞭毛型鞭毛；藻类还有另一类尾鞭型鞭毛, 鞭毛平滑无附毛。裸藻具有细胞核和载色体，细胞核较大。细胞进行有丝分裂时，核膜核仁不消失，有纺锤体，但没有染色体纺锤丝，纺锤丝在染色体之间穿过至两极。核中部凹陷，中期向两侧扩展，染色体移至核相对的两端，以环沟在核中部将核分开成２个子核，称该核为中核。本门植物有绿色和无色的两种类型，在绿色种类中细胞内有载色体，含有叶绿素a和b、β－胡萝卜素和叶黄素。贮藏物质是裸藻淀粉及油。裸藻大部分种类为无色类型，营腐生生活，或为动物的营养方式，能吞食固体食物。本门植物主要以细胞纵裂的方式进行繁殖，有性生殖尚不能确定。

     裸藻属（眼虫属），属于裸藻目。细胞为棱形，前端为胞口，有一条鞭毛从胞口伸出，胞口下为胞咽，胞咽下部的膨大部分叫贮蓄泡。贮蓄泡周围有一至数个伸缩胞，体中的废物可经胞咽及胞口排出体外，贮蓄泡旁有趋光性的红色眼点，植物体仅有一层富有弹性的表膜(pellicle)，没有纤维素的壁，因而个体可以伸缩变形，细胞核大、球形，位于细胞的中部，细胞内有许多叶绿体（图6-2）。主要分布于含有机质的淡水中，半咸水中也有。

古代原生动物眼虫的植物学名称，因为眼虫同时具有动物与植物两种特性
眼虫是一种生活在水中的单细胞原生生物。身体呈长梭形或圆柱形，前端有一个凹口，由此伸出一根鞭毛，其摆动在水中产生的反作用力能够推动身体运动；凹口的下方有一个具有感光机能的红色的眼点（眼虫的名称就因具有眼点而得）。如果把它们放在含有有机物的水中，眼虫能够靠细胞膜吸取水里的有机物“食物”，过着动物式的异养生活。这些性质使动物学家认为，眼虫是一种“原生动物”。但是同时，眼虫的细胞却又有含叶绿素的叶绿体，能够进行光合作用，自己制造营养。因此，植物学家认为，它是一种“原生植物”；由于它的细胞外面没有细胞壁，植物学家给它起了另外一个名字——裸藻。
    眼虫的这种“动物植物双重性”使许多科学家相信，动物与植物有共同的祖先——它很可能就是与眼虫类似的、某种生活在远古水域中的单细胞原生生物。在漫长的进化过程中，它们当中的某些分子伴随着基因组的变化加强了运动、摄食的结构和功能，同时逐步“丢失”了进行光合作用的结构和功能，最终生活方式转变成为完全的异养；另外一些分子则伴随着基因组的其它方式的变化向着完全自养的方式转变。前一种方式代表着最早的动物的产生，后一种方式代表着最早的植物的出现。