下密院主要建筑包括经堂、佛殿等。其中无论建筑规模和艺术价值都以主殿为最。主殿设在密院中央，坐北朝南，高四层，有房屋七十余间。底层南部为大经堂。中有5门相通。开间很大，有柱48根，正中4柱直通二三层承托高敞天窗，四壁遍绘壁画，内容多为格鲁派故事。北部为佛殿。东侧室房内有柱 12根，供有泥塑佛像。西有厢廊。殿内主供宗喀巴大师的泥塑彩绘像。左右为护法神殿，供有护法神像。

    按规定到下密院来研修密宗的僧人，必须是在拉萨三大寺显宗扎仓（学院）修习毕业后才有资格进入。其它寺院虽然也有密宗扎仓（学院），但都属于低级阶段，在下密院研修的密宗才属于高级阶段的。

     下密院的僧规制度以严格著称。在生活待遇上，就是有活佛身份的僧人也不例外。据说，其修行方法带有苦行僧与行脚僧的特色，生活很苦，制度极严，午夜上殿时一律光脚，过午不食，夜间集体睡在大殿上。

    上图是下密院的入院门洞，朝南，面向北京东路。

    下图，进入门洞，就是大主殿。