寺始建于晋，初名瑞相院。唐贞观年间，太宗李世民敕褚遂良重建，改翠灵寺。宋朝淳化年间改妙果寺。元至元中改铁索寺。明洪武年间，为异僧金碧峰敕建，因名碧峰寺，永乐年间郑和曾为碧峰寺定制十八尊雕妆罗汉像。寺今已不存，遗址为雨花台区实验小学西校区。