其中位于大成殿东西两侧的房子叫“两庑”，是后世供奉先贤先儒的地方, 这里配享的贤儒大都是后世儒家学派中著名的人物，如董仲舒、韩愈、周敦颐、许衡、王阳明等。在明朝以前仅有20余人，经过历代增添更换，到民国时，已达156人。这些配享的人原为画像，金代改为塑像，明成化年间一律改为写有名字的木制牌位，供奉在一座座神龛中。大儒主要有：先秦孔子的弟子以及门徒：子路(忠)、子思 、孟子、子夏、曾参、颜之推、荀况；汉晋时代的董仲舒、王充；三国的卢植、郑玄；隋唐的王通、韩愈；宋元时代的周敦颐、程颢、程颐、朱熹、陆九渊、吕祖谦、赵复、许衡、吴澄；明清方孝儒、王阳明、黄宗羲、顾炎武等。现在两庑中陈列着历代石刻。

据《元史·卷二十四·本纪第二十四  仁宗一》记载：“皇庆二年(1313年)六月己未朔，……甲申， 以宋儒周敦颐、程颢、颢弟颐、张载、邵雍、司马光、朱熹、张栻、吕祖谦及故中书左丞许衡从祀孔子庙廷。”现许衡的木制牌位，供奉在西庑内一座神龛中。