这次召对令崇祯帝很不愉快，对于袁崇焕的种种不满和怀疑也都重新勾了起来。朝廷给了他那样的特殊信用和特殊权力，甚至不惜牺牲自己的尊严容忍他擅杀大将，就是要他保障东北方面的安全，进而恢复全辽，彻底根绝隐患。但此时后金的兵马非但没有被抑制、被削弱，反而破天荒地开到了天子脚下舞刀弄枪，算起来责任最为重大的还不是兵部的主官，而正是袁崇焕。而且就是这个袁崇焕，勤王救驾姗姗来迟，来了之后又逗留不前，不肯同敌人激战，只是一味地强调自己兵困马乏，却不想一想皇帝连日圣心焦灼的痛苦。难怪都中人士一直都在传说袁崇焕是同敌人勾结好了一路前来的，是个居心叵测的大汉奸。看来真是有不少疑点。他同毛文龙并没有冤仇，为什么上任不久就要冒着极大的风险把毛杀了？听说他早在天启年间就同敌人吊庆往来不断，是不是有什么密谋？这次京中抗敌，各军都伤亡惨重，为什么只有他的部下很少损失？眼前正是国家需要将士戮力杀敌的时候，他为什么一而再，再而三地要求进城休整？

　　这些不满和疑团在崇祯帝心中慢慢地发展着，终于在一个时刻爆发了。

　　这些天来皇太极过得极从容，并不急着取得什么决定性的军事胜利，在城北战胜之后，看看一时也难攻坚，就绕道京城南面，一边围歼着小股的明军，一边在郊野上骑射围猎，简直像是在组织一次大规模的旅游。二十九日晚上，一名先前被后金军抓获的明宫太监趁着后金营中只顾喝酒玩乐，看守不严，逃脱出来。他还给崇祯帝带回一个极其重要的情报：在临逃出来之前，他亲耳听到敌方的一个副将对人说，我们同袁巡抚有密约，大事立即可成，马上就可以撤兵了。

　　后来人们从清方史料里面得知，这全是皇太极下的一个圈套，是故意要让崇祯帝中这个反间计。这条妙计显然是从《三国演义》里“蒋干盗书”一节学习来的，那时候后金的君臣将帅们确实是把《三国演义》当作兵书来读的。这条从小说中化出来的计谋并不算很高明，但对付正在满腹狐疑的崇祯帝却已经足够了。

　　崇祯帝听到那个逃回的太监的情报之后，连夜作了安排。他没有同任何人商议，（怕走漏风声？）第二天（十二月初一日）再召袁崇焕、祖大寿、满桂、黑云龙等进宫，说是商议粮饷问题。袁崇焕从军中直奔平台，发现皇上突然变了脸。崇祯帝先责问袁崇焕为什么擅杀毛文龙，（他总是忘不了杀毛文龙这件事，）又责问他为什么逗留拖延不与敌力战。袁崇焕还没来得及认真回答，就被早已布置好的锦衣卫校卫捆绑起来，抓进了专关天子钦犯的诏狱。崇祯帝几天来一直比较依重的内阁大学士成基命此时在旁，感到突如其来，连连叩头请皇上慎重从事。崇祯帝恨恨地说：“什么慎重，不过是因循守旧，能办好事情吗？”成基命说：“现在兵临城下，非比他时！”崇祯帝全然不理。

　　值得注意的是，不论是在抓袁崇焕的当时还是后来对他审判的时候，明方的官私文书从来没有提到过脱逃太监告发一事，官方给袁崇焕拟定的多种罪名中也没有这最根本的一项：通敌叛逆。这是不是说明崇祯帝在中过皇太极的圈套后又有点反省，有点疑惑呢？但不论如何，他既然在围城最危险的时候逮捕了援军主帅，就绝不能再自认是抓错了人。因此袁崇焕的下场很惨。

　　袁崇焕突然被捕，惊呆了他部下的将士。宁远总兵祖大寿是袁崇焕一手提拔起来的亲信，此次一同陛见，看到袁崇焕被逮，吓得浑身哆嗦。出城后把袁督师被逮的事向全军传达，全军哗然。于是祖大寿和何可纲（袁崇焕的中军）也不再管什么守城勤王，带着部队一路向东，逃到了山海关外的老根据地。这样，不但京城守备部队中少了最重要的一支，而且这支部队是否会叛变投敌也很难说，本来就坏透了的形势于是更坏。

　　这时候还是在辽东极有威信的老臣孙承宗起了作用，他主动派人招抚关外各部，并建议朝廷用温和态度加以抚慰。崇祯帝为修补残破，也只能依靠孙承宗，顺势命他移镇山海关，实际上是由他顶替袁崇焕任辽东前线总指挥。京城防务方面也得有人主持，只好用满桂，以其总统各路援兵。

　　虽说是勉强有了个安排，京城里因为袁崇焕被逮和祖大寿等部逃亡而造成的人心惶惶的气氛却一时难以安定，平日运行有条不紊的各衙门好像也乱作了一团，不断发生事故。兵部对于先后赶到京畿一带的将近20万各地援军一时根本不知怎样调派，于是朝令夕改，左右支应，把一些援军弄得摸不清头脑。山西巡抚耿如杞带着5000人入援，第一天被安排守京东通州，第二天又被调到京北的昌平，第三天再调京南的良乡，每天赶路一百多里，却得不到给养。又饿又累的山西援军忍无可忍，在郊区大肆抢掠。崇祯帝得知后大为震怒，把耿如杞和总兵官张鸿功投入了监狱，后来全部杀掉了。那耿如杞在魏忠贤统治时期因为对魏忠贤不恭而被判处过死刑，崇祯帝即位后才得到平反，并升任巡抚，这一次却很冤枉地被杀了。

　　户部为了援军的粮饷问题也一直在头痛，东挪西凑，仍然漏洞百出。工部应该为守城部队提供守城武器、器械，但一时哪里备办得齐呢！皇帝又发了火，把工部尚书张凤翔和工部四个司的郎中（司长）全部抓了起来，其中三个死在了狱中。连刑部也跟着出事，在人心惶惶的一片混乱中刑部大牢失于防范，竟让170多人集体越狱逃了出来，在准备跳城远遁的时候才被抓获。崇祯不断听到这些乱七八糟的坏消息，精神几乎崩溃，把自刑部尚书乔允升、侍郎胡世赏以下直至提牢主事（刑部监狱长）都抓到刑部自己的监狱里。

　　在一片混乱中，崇祯帝唯一的希望是敌人赶快离开京城远一点，以便让自己过于紧张的神经稍稍得到一点松弛。为此，他又不断催促满桂出城迎敌。满桂明知这些杂凑起来的部队战斗力太差，守城还勉强可用，出城野战必定凶多吉少，也曾找借口一拖再拖。但皇帝不断地催，还拿袁崇焕的先例来威胁，满桂最后只好出城一战。这时候后金军的主力在京南永定门外一带，满桂率城中各部援军于十二月十六日出永定门扎营，第二天一早就同后金精锐骑兵展开战斗，终于败了，满桂力战而死，全军覆没。

　　这时候，京城里只剩下京营的卫戍部队，城外面尽是些被兵部调得团团乱转的援军，形势之坏，前所未有。崇祯帝连他的20大寿（19周岁生日）也顾不上庆贺，早朝和文华殿的议事也暂时免了，传旨让人准备大批麻袋，让太监和文武百官进献马匹。官员们开始传说：皇上这是准备要弃城逃跑了。有些官员为此还专门上疏请皇上正常视朝，以安定人心。

　　崇祯帝是不是真的想要逃跑不得而知，但挨过了崇祯3年（1630）的新年之后，危险却自己过去了。皇太极出兵已有数月，抢掠的人口财物也已经多得不好输运，新春一过，决定班师回家，于是过通州，克香河、永平、迁安、滦州等府、州、县，绕过山海关从长城外面回到辽东。

　　后金这次入塞攻明，基本上是所向披靡，兵将损失甚微，却掠夺了大批银钱、粮食、牲畜、器械，还有大批人口，其中包括一些投降的明朝中下级官吏和生员、举人。皇太极把这些人看作是一种重要的资源，注意对他们的任用。可以说，这次入塞大大加强了后金的实力。

　　明朝在这次军事对抗中则损失惨重，京畿及其附近两府十几个州县遭到蹂躏，被歼灭的部队达数万人。死于战场或是被迫自杀的高级官员和将领包括1名侍郎、1名巡抚、3名总兵官；被崇祯帝自己杀掉的更多些，有兵部尚书王洽、督师袁崇焕、蓟辽总督刘策、山西巡抚耿如杞、总兵官张士显和张鸿功等一批高级文武官员；因为带队勤王发生兵变被吓死的有延绥巡抚张梦鲸；判处死刑后来被赦免改戍的有大学士钱龙锡（因袁崇焕案牵连）、刑部尚书乔允升、左副都御史易应昌（为拟乔允升罪过轻）；还有许多人被下狱、被罢官。因此，后金军的入塞对于明朝来说，不仅造成了经济上的破坏、军事上的破坏，还造成了人才上的巨大破坏。

　　此后，后金（清）军又一次接一次地进入内地，每次入塞实力都进一步加强，而明朝在一次又一次打击下实力不断削弱。等到清军第6次入塞的时候，崇祯皇帝和他的明王朝都已经受终正寝，不复存在了。

　　这次己巳之警给明朝造成的最大损失还在于丧失了一个杰出的边防人才。袁崇焕的5年复辽之说虽不免妄诞，但从当时情况来讲，在辽东边防上最有胆识、最有能力、最有威信的统帅仍然是非袁崇焕莫属。也正因为这样，皇太极才会不怕麻烦地使用反间计。崇祯帝却中了计，而且把结局弄得很惨。

　　崇祯3年（1630）八月，崇祯帝在平台召见九卿科道诸臣，宣布袁崇焕的罪状和对他的判决：“袁崇焕不能效力重托，一味欺瞒君上，私自购买军粮而助敌，为与敌人议和而擅杀大帅，纵敌长驱畿辅，顿兵逗留不战，又遣散四方援军，及至兵临城下，反而一再要求入城，种种罪恶。命刑部公开执行磔刑，依律家属十六岁以上处斩，十五岁以下给功臣家为奴，今从宽只将其妻妾子女及同胞兄弟流放二千里外，其余释放不再追究。”

　　袁崇焕当天就被处决。京城百姓都以为他是招敌入寇的大汉奸，恨之入骨，不但前来围观，而且争着要吃他的肉。行刑者于是有了生意，每割下手指大一块肉，买银一钱。百姓们蜂拥而上，一边骂一边吃，一会儿就把袁崇焕的肉吃光了。行刑用了半天时间，据说“皮肉已尽，心肺之间叫声不绝。”