十二世纪末，成吉思汗征服天山南北及中亚地区，分封次子察合台建立汗国。天山南北广大维族居民处在蒙古军人、王公贵族统治之下。

公元1320年（元仁宗延祐七年）察合台汗国分裂为东西两部，东部以阿力麻里为中心，包括喀什葛尔、吐鲁番一带；西部以撒马尔罕为中心，包括河中地区。进驻西域各绿洲即畏兀儿地区的蒙古军队极其首领，因地域因素，开始同当地民族杂居，由游牧生产方式过渡到定居的农业生产方式，开始接受了伊斯兰教。

东察合台汗国前期，王室之间互相残杀，汗国汗位频繁更迭、社会动荡不安。公元1348年被推举的秃鲁黑.帖木儿在天山南部阿克苏登位，他是东察合台汗国第一个接受伊斯兰教的人。引导他改变信仰的人是库车的毛拉艾尔西丁。秃鲁黑.帖木儿该信伊斯兰教后，在天山以北强迫推行伊斯兰教，史料记载有16万蒙古人该信了伊斯兰教。这一时期，形成了两大民族文化区域——以喀什葛尔为中心的伊斯兰文化区和以吐鲁番为中心的佛教文化区。

公元1389年，秃鲁黑.帖木儿的幼子黑的儿火者经过征战，重新夺回因内乱失去的汗位，《明史》称别失八里国。黑的儿火者统治期间，社会经济取得长足发展，国力增强。他是虔诚的伊斯兰教徒，在公元1392——1393年间出兵吐鲁番和火州，四年之后，又出兵东部哈密。在这些地区，他强行传播伊斯兰教，对原有的维吾尔族佛教徒进行毁灭的打击。吐鲁番地区数百年乃至上千年的佛教文化遭到摧残。十六世纪初，佛教在哈密消失，维吾尔全民族基本上接受了伊斯兰教。

            本文参考维吾尔族著名学者拓和提《维吾尔历史文化研究》一书。