1403年的5月，明成祖主动提出要对北京实施国都礼制，“北京，朕旧封国，有国社、国稷，今既为北京，而社稷之礼未有定制，其议以闻”。然而，这个建议却遭到礼部和太常的激烈反对，最终他的建议被驳回。

对于这次挫折，朱棣虽然有些沮丧，但并没有表现出太过激烈的反应。但在现实的条件下，自己的权威根基还不够牢固，还不能不顾忌种种反对的势力而一意孤行。

但接下来发生的一件事深深得刺激了朱棣。

在一天上朝时，朱棣险些被御史大夫景清暗杀。

景清，是洪武年间的御史大夫，他是个聪明潇洒而且重义的人。永乐即位后，对他很欣赏，仍请他做御史大夫。据史记载，在此事件之前，负责观察天象的钦天监向朱棣密奏说：“臣夜晚观天象，见文曲星犯帝座甚急，皇上近日要防红色。”朱棣闻奏，暗想：“降服的这些大臣，何人可疑？” 忽想起往日有人给景清看相，曾说他身矮声雄，形容古怪，为人必多深谋奇计，叫我要防范。莫非是景清要犯我！到第二天上早朝时，文武百官，只有景清一人穿红色衣服。朱棣十分怀疑，命令左右侍卫擒拿，搜身，搜出他暗藏的准备刺杀永乐的短剑。皇帝帝责问他时，景清奋起喊道：我要为我的故主建文帝报仇！狂怒之下的朱棣对景清除株杀九族之外，还实行残酷的“瓜蔓抄”。 就是像拉瓜藤斩须蔓一样，凡是能攀得到的全部杀掉，这种杀人方式使景清家乡的村子很快成为一片废墟。朱棣将他剥皮，高悬于城门。

此事之后，永乐皇帝在他居住的南京宫殿里经常做噩梦。他刚刚开始统治的这片疆土，在这一年竟然自然灾害不断，老天爷并没有在他登基的第一年眷顾他。

据历史记载：

一月，河北大明府发生蝗灾。

三月，陕西蝗灾。北京、山东、河南、直隶、徐州、凤阳、淮安都发生了饥荒。雨水毁坏京师城墙。

四月，广东的广平和顺德等地发生了饥荒，灾民多达数万人。浙江、上海发生水灾。江苏各地发生蝗灾。

五月广东发生台风灾害。河南蝗灾。山东历城发生饥荒。

六月湖广江华水灾。南昌水灾。

七月山东兖州蝗灾。

八月，浙江赭山发生洪水，冲毁了四百多顷良田。广东的湖州地震，河北河南蝗灾和旱灾。

九月，河南陈州西华县水灾。

十一月，山东水灾。

闰十一月，北京、山西地震。

十二月山西水灾。

这一年天灾人祸纷至沓来，无数百姓纷纷丧生。中国人口锐减，永乐元年6600多万人，第二年成了5700万人，死亡将近六分之一。

如今的南京紫禁城仅存遗迹，站在这座宫殿的废墟当中，我们可以想象刚刚进驻在这里的朱棣，应当时常处在焦虑和紧张之中。朝臣们的反对和质疑，民间对他的种种不利流言，频繁的天灾和众多死在他刀下的冤魂，使得这个想建立秦皇汉武伟业的帝王，承受着前所未有的压力。

史书记载“瓜蔓抄”，先后杀去一万人之多。一时间天下人心惶惶。杀了这么多人，让他感到十分不安，他也曾询问尚书茹常：我杀了这么多人，是不是得罪了天地和祖宗啊？

另一方面，他也知道当时的北平经济凋敝，人烟稀少，粮食供应基本上还依赖南方。而元朝开凿的京杭大运河在1391年的一次黄河决堤中被堵塞，南北物资运输基本要依靠陆路和海运。但海难和海盗的威胁让这种运输十分困难。

而长城之外的蒙古部落还时时威胁着北平的安全。这样，当时的北平无论从经济、政治和军事上，确实都还不具备成为一国首都的成熟条件。

然而，从明成祖登基之后的一系列举措中看出，他并没有放弃迁都的计划。事实上，他采取迂回战略，以一种更为温和而秘密的方式，为迁都进行了系统而缜密的准备工作。而这些工作都是相当低调地进行着。