来自中原的商人汪祖义是诗诗爸爸的大学同学，他送给诗诗一枚恐龙蛋。恐龙蛋先后被龙龙、壮壮放进微波炉微波后，竟然鬼使神差般孵出一只小怪兽——奇奇。三个孩子相信奇奇应该属于它的故乡,位于中原的森林与大山，他们相约踏上奔赴西峡的火车。

在火车上，两个不怀好意的文物贩子笑面虎高达权、黑皮艾至山盯上了奇奇。他们尾随来到位于深山的龙眼镇。龙眼镇正在发生着诡异的事情，一个又一个小男孩失踪。传说，因为有人往外面贩卖大批恐龙蛋，触怒了恐龙的保护神——黑巫龙，它在抓小孩抵命。

他们住进镇上的百年老店。当天晚上又发生两起命案：一个偷偷贩卖恐龙蛋的人被神秘蒙面客杀死。客店主人的小儿子虎子失踪。壮壮因为害怕想要离开。诗诗和龙龙却想帮店主人找回虎子，并查出镇上所有小男孩失踪的真相。

神秘的疯子老头在天龙广场扎巨龙，扬言灾难将临，黑巫龙将出现。他要龙眼镇人一起帮他扎巨龙，保佑龙眼镇平安无事。可镇上的人都只顾自家安危，没人愿帮他。镇上的人都把自己家的小男孩都藏进地窑，希望能够得到平安。

笑面虎和黑皮诡称，龙王庙的骷髅僧知道奇奇该去什么地方。深夜，他们一起去见骷髅僧。在龙王庙后院，瘦削若鬼的骷髅僧露出真面目,原来他和那两个文物贩子是同谋，想霸占奇奇。

龙王庙老法师出来制止。三个恶人却要把他们一起除掉。这时候，汪祖义现身救了他们。原来三个孩子刚踏上火车，汪祖义就接到诗诗爸爸的电话。他匆忙到火车站接三个孩子，看到他们和两个文物贩子（他认识这俩人）在一起，就暗中跟踪。

老法师听了奇奇的故事，邀请三个孩子去不老泉洗浴。老法师借机在龙龙的脖颈后发现了龙形隐形图案——龙图腾。老法师讲了一个古老传：黄金龙是中原人的保护神，保佑百姓不受黑蛇妖侵袭。当人类不团结时，它就会现身。可每次刚现身时都比较弱小，黑蛇妖就可能乘虚而入，消灭黄金龙而统治世界。

老法师指出奇奇就是那条黄金龙，龙龙则是龙之使，他可以给弱小的黄金龙带去强大的能量。但是，龙龙必须找到隐藏在黄金龙龙穴中的金蛋，才可以唤醒自己身上的巨大潜能，给黄金龙补给能量。

老法师告诉他们，在龙王庙后面有个秘密洞口，可以找到龙穴。他们进入秘密遂道，来到一个神奇世界。几经周折，终于在一汪深不见底的潭中，发出金灿灿的金蛋。

这时，汪祖义见财起义，凶相毕露，想要独占金蛋！三个孩子据理力争，但汪祖义为财所迷。“实话告诉你们，因为一笔生意上当被骗，我已经破产了。你们不知道金蛋的价值，它可以让你在一夜之间变成亿万富翁，这是我的挽求自己的唯一机会。”汪祖义捆绑了三个孩子，怀揣金蛋要离开时，黑蛇妖突然出现。

汪祖义开枪攻击，被黑蛇妖一掌把枪打碎。黑蛇妖把汪祖义扔进黑暗地带的深渊。汪祖义的帮手被黑蛇妖吞噬。

黑蛇妖要杀死奇奇。龙龙想借金蛋之力给奇奇以能量，但来不及了。奇奇与黑蛇妖搏斗，根本不是对手。黑蛇妖咬破它的皮，把金蛋叼走。

“龙龙，救我！我家里还有和你年龄相同的女儿！不要放弃我。”汪祖义在黑暗深渊中呼救。“人人都会犯错误，给他一次改正的机会。”三个孩子冒险进入黑洞，不仅救出了汪祖义，也意外地找到了五个被黑蛇妖抓去的孩子。

这时候，遂道开始塌陷，忽然脱皮变得巨大的奇奇，带着他们飞出深洞。山洞在它们身后迅疾塌陷了。

此时，龙眼镇正在准备举行大典。然而却遭遇狂风暴雨，雷电交加。口中含着金蛋的黑蛇妖出现了，它化身为黑巫龙。龙眼镇人全都跪下来，乞求保护黑巫龙眼镇平安。黑巫龙得意地接受人们的朝拜。

龙王庙的百岁老法师现身，揭露黑巫龙的真相。它不是能保佑人们平安的黄金龙，因为它无法使金蛋与自己合二为一。它只会给人们带来灾难。但被蒙蔽心灵的人们只相信眼前的事实，而不相信老法师。为了擦亮人们的眼睛，唤醒人们的良知，老法师毅然赴入火海。

奇奇托着孩子们现身，他们揭露黑蛇妖的本来面目。人们至到看清失踪的孩子，才认清黑蛇妖的把戏。黑蛇妖被掀穿，大怒，吐火点燃了龙眼镇的房子。吐水，冲毁了庄稼。人们惊慌地四散奔逃。两个文物贩子和骷髅僧在混乱中借机逃出来，还砸烂监狱，把恶人都放出来。他们在古镇抢夺东西。

黄金龙与黑蛇妖展开搏杀。老法师让龙龙高举金蛋，释放能量帮助黄金龙。但黄金龙依然斗不过黑蛇妖。金蛋越变越大，将要把龙龙压死了。关键时刻，诗诗、壮壮加入进去，共同挺举金蛋。汪祖义和龙眼镇的人也纷纷加入，共同托起变得像蓝球场那么大的金蛋。大家团结一心，最终把金蛋的能量注入黄金龙体内。

整个金蛋最终融入奇奇身体，变身成为蛟龙的奇奇杀死了黑蛇妖。

小镇重回合平宁静。黄金龙回归无边无际的大森森和山恋中。老法师说：它会在中原大地每一寸土地上，保佑我们平安。三个孩子和龙眼镇的人们从这件事情上，认识到团结的珍贵，集体力量的强大。