慈云寺坐落在天镇城内西街北侧，寺院坐北朝南，现存有中轴线上三进院落及东西跨院共五个院落。中轴线上自南而北依次排列有山门、天王殿、释迦殿、毗卢殿四座单体建筑，并以次划分为三进院落。

现在见到的慈云寺全貌，正是明宣德年间保留下来的一组完整的古建筑群。全寺东西长140余米，南北宽110余米。慈云寺现存单体建筑31座，占地面积约1．6公顷。1965年5月山西省人民委员会公布为省级重点文物保护单位，2006年5月被国务院公布为第六批全国重点文物保护单位。