倒置荧光显微镜成像是一种细胞各层平面叠加的效果，共聚焦是一种断层扫描的效果，最后也可以进行叠加。共聚焦看细胞并不如倒置清楚，但它的荧光通道要比倒置多得多，因此多重荧光标记的检测必须用共聚焦。

                   倒置荧光显微镜                         共聚焦显微镜
     从倒置的结果可以看出细胞中明显的细胞核，细胞质都已被带荧光的药物充满。从共聚焦的结果来看，左上角是用DAPI染的呈蓝色的细胞核，可以看出细胞核很大，并不是象倒置的结果中显示的那样小。DAPI的激发波长只有340，不受荧光药物干扰。右上角则用的是荧光药物的激发波长，结果跟倒置差不多，还不如倒置清楚。两者叠加后，可以看出细胞核内也吞噬进去了荧光药物。但为什么药物不会均匀地分布在核中，总是会留出一片空白区域，有些费解，难道是核中之核？
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