六榕寺和寺中的花塔一样，历来为人们所称颂，加之历史地位与光孝寺齐名素有“光孝以树传，净慧（六榕寺的别称）以塔显”之称。六榕寺内千佛宝塔，原名舍利塔，是广州古代有名的高层建筑，与寺同建，北宋初毁于火，绍圣四年(1097)重建，改名千佛塔。因其塔身斑斓华丽，以琉璃瓦盖檐角，通称花塔。花塔为宋代建筑风格，塔高57米，11角形，八角九级，每级皆有暗层，合共九级十七层，沿梯级可达塔顶。塔内供奉佛像88尊，塔顶有元至正十八年(1358)铸造的千佛铜柱，上面装有九霄盘、宝珠，连同四周的铁链，重约五千公斤。 据了解，早在数十年前，六榕寺花塔就已经歪了。90年代末，附近六榕大厦的兴建让花塔的倾斜更加严重。整座塔向南倾斜，塔顶偏移塔底中线1.677米，而且塔身多处出现裂缝。1999年，广州市设计院通过对塔身灌浆加固以及在塔身外围通过粘贴碳纤维布箍的方法进行修缮，花塔的倾斜情况才得到有效控制。

寺内四件珍贵文物，(1)辽代紫铜精铸的药师佛像，(2)玄奘法师顶骨，(3)澹归诗卷，(4)汉玉，称为六塔镇山四宝，

民国四年(1915)因广州地震，塔身有裂痕，封闭塔门，六祖堂也已破烂，民国八年(1919)，住持铁禅和尚发起募捐，先修缮六祖堂，建补榕亭，并在六祖堂前建“曹溪法乳”牌坊，牌坊刻有近人柳桥金保泰撰书的长联：胜迹数名山，达摩履，东坡展，王勃碑，当年蛮海寻幽，三百钟声留过客；仔肩担大法，舍利塔，南宗像，太湖石，此时榕亭得古，五千弟子有传人。寥寥数十字，点出当时六榕寺的重要文物景观。

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现在塔西大雄宝殿供奉的三尊大佛像，现存六榕寺内的三宝佛乃是大佛寺在清康熙二年（1663年）以黄铜精铸供奉的大佛像，亦是清朝平南王尚可喜的功绩。佛像很巨型;高6米重10吨，是广东省现存最大的古代铜像。

六祖堂内供有禅宗第六代祖师惠能的铜像,北宋端拱二年(989年)重修时，寺内供奉禅宗六祖慧能，以修净业，因此曾改名为净慧寺。在现存以紫铜铸造的六祖惠能铜像，高1.8米，重约一千公斤。六祖结跏趺坐在太师椅上，闭目坐禅，其容貌和神态与曲江县曹溪南华寺惠能肉身像神似。六祖惠能是唐代杰出的高僧，随五祖弘忍学法，很得弘忍赏识，后继承衣钵后南隐，创南禅宗学派。六祖堂前榕荫苍翠，菩提婆娑。

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历史回顾，六榕寺劫难无数，然佛光普照，有佛保佑，今依然屹立，是冥冥之中的定数矣。