石竹寺始建时间的最早记载，是宋淳熙九年（1182）梁克家的《三声》，该书卷“福清县僧寺类”载：“灵凤院——大中元年（847）置。石竺院，修仁里，同年置。”按“石竺”即“石竹”。《八闽通志》卷5载：“石竺山——亦名石竹山。”，石竹寺本名石竺院，始建于唐大中元年（847），它一开始便是佛教寺院，并无“初名灵宝观”的历史记载。《三山志》中，明确记载“石竺院”属“僧寺”类。

    石竹山的道教代表建筑灵宝观又具体建于何年呢？回答是史无明书。但从一些旁证史料推知其大约年代。

    清《福清县志-人物志-仙释》载：“林炫（玄）光，邵武人，朱梁时尝炼丹于石竺山，后舍宅为仙井寺，以产业入灵宝观。丹成，骑白虎白日上升。”关于石竹山仙井寺的建置时间，《三山志》卷有明确记载，日：“仙井院，永寿里，大顺二年置（891）。”“大顺”为唐昭宗年号，时遇朱梁太祖开平元年（907）仅16年，可见，林炫（玄）光确是朱梁时人，他在石竹山炼丹，升天后（死后），舍宅入仙井寺，而以产业为灵宝观。这与其他一些更早的史籍记载也是一致的。如《三山志》卷载：“福清灵宝观，县南一里，昔有林真君玄光于石竹山炼丹，丹成，骑虎上升，今有虎岩溪，右有井，旱不涸，或日炼丹井，后为观------”又如《闽书》卷6“石竹山”条亦载：“又有灵宝观，以祀林真君亥（第六）光也，亥（玄）光于此山炼丹，丹成时骑虎上升。”《福建通志-时胜志》：“灵宝观，在县南一里，昔有林真人玄光于石竹山炼丹，后为观。”从“后为观”的记载看，灵宝观的确坚固耐用林真人所舍产业后兴建的，故该观历来奉祀林真君。从林真人同时舍地为仙井院（大顺二年）看，灵宝观显然也应兴建于些时或稍后，总之不早于大顺二年（891）。

    灵宝观之建置时间比石竹院建置时间至少晚上4年。而且石竹院本身与林真君也没有关系。有关系者，仙井院也。因此，石竹院与灵宝观从来就是石竹山的两座建筑，二者并无继承或改制关系是很清楚的。

    今人的一些介绍、研究石竹山历史沿革的文章，都把宋代的“灵宝观”或“灵宝道院”说成是石竹寺的改名，这是认为宋代灵宝观仍在石竹山引发的错误的看法。因为，宋代石竹山的灵宝观已经迁移至县南的玉融山，具体时间为北宋绍圣二年（1095）。明弘治《八闽通志》卷载：“石竺寺，在县西北修仁里，唐大中元年建，见存。”又载：“灵宝观，在县南二里许，宋绍圣二年（1095）建，宣和三年（1121）为灵宝道院，乾道九年（1173）丞相史浩重修。”灵宝观为五代朱梁时林真人舍产业所兴建，地点是在石竹山。那么，《八闽通志》这里为什么又说灵宝观为“宋绍圣二年建”呢？地点本在石竹山，这里为什么又说“在县南二里许”呢？原来，这里“县南二里许”的灵宝观乃是指玉融山的宋代新灵宝观。有些同志误认为《八闽通志》卷75所载的这座灵宝观也在石竹山，实缘于书中此处没有明确指出所在山名所致。

    那么，县南的这座灵宝观是否为非奉祀林真人的道观呢？又不是的。因为县南的这座宋代灵宝观就是从石竹山迁来的，故仍奉祀林真人。宋《三山志》卷38载：“福清灵宝观，县南一里。昔有林真君玄光于石竹山炼丹，丹成，骑虎上升，---后为观------绍圣二年，移于水南玉融山之阴，宣和三年，为灵宝道院，曹绩书额。乾道九年，史丞相浩重修。旧产钱二百二十九文。”南宋王象之的《舆地纪胜》（约法三章227年成书）卷128也明确载日：“玉融山，在福清县，今灵宝观，原自石竹山林真君骑虎上升之地移于今所。”（该书“福建路-福州”）明末福清高僧即非如一的《福清县志续略》卷宗同样亦载：“玉融山，在县南五里许，山色和明，四时青碧，旧有灵宝观，自石竹山移此山中。

    以上史志记载，无可辩驳地证明，石竹山奉祀林真人的灵宝观于北宋绍圣二年（1095）正式移建于县南玉融山之阴（即北面）。宋宣和三年（1121）改名灵宝道院（不是灵宝道观），时任福清知县之兴化人曹绩为之书院额，至乾道九年（1173）丞相史浩（字直翁，绍兴进士）又加以重修。玉融山的灵宝观，周围“山色和明，四时青碧”，看来风景也是优美的。至于玉融山与县治的距离，诸志记载可能因起点不同而略差异，或说“县南二里许”，或说“县南一里”，其实均为约数而已，并无矛盾，实地距离，正是二里左右。唯《福清县志续略》载“县南五里许”，“五”字则显笔误或刊刻错误。我们现在尚不清楚石竹山的灵宝观为什么要迁移县南玉融山的原因，但是宋绍圣二年后的灵宝观不属于石竹山则是确凿无疑的。

    既然作为石竹山主要道教建筑的灵宝观于绍圣二年迁建玉融山，那么，宋代石竹山是否就仅是佛教道场呢？

   我们从宋人的诗文来看，南宋的石竹山确是以佛教为主体的。如宋端平元年（1234）进士林希逸（1193生）的《石竹山半山亭》诗中有句云：“欲知佛境界，须上到山头”。又《石室诗》：“山灵不敢住，分付与僧家”。端平二年（1235）写的《石竺山二十咏》组诗之序更明确指出：“（石竺）山在福清境内，昔羽人、今纳子居之。”“衲子”即僧人，可见当时石竹山确以佛寺最为兴盛。实际上，整个南宋，佛教势力本来就远压道教。且看宋《三山志》的记载，其时福清全县有寺观196所，而道观则仅有2所，僧侣人数多达1400人，而道士则仅有7人。释道二教势力之悬殊于此可见一斑。

    不过，从古人所作的诗文来看，南宋石竹山尽管以佛教为主，但道人并未绝迹。南宋著名理学家、刘克庄挚友林希逸诗集中就收有二首题为《石竺山紫云恭老》的绝句。其诗序云：“得樗庵尚书（即刘克庄）书，往渔陵见洪阳岩。”二诗为：
（一）
几载空拳把疏头，新成楼阁石山幽。
未忘嘱咐樗居士，送紫云师紫帽游。

（二）
师知缘熟向温陵，骑虎仙翁现化身。
袖有先容应得力，阳岩佛地位中人。
诗末有自注云：“紫云仙，旧骑虎。”

    按石竹山有紫云洞，传为五代林真人炼丹处，丹成，骑虎升天，故此处之“紫云仙”通过“几载”的艰苦募缘，在山上新建了“楼阁”。其所游之“紫帽”当即泉州之紫帽山，兹山为唐代真人郑文叔居所，也是道教活动场所。在其他宋人的一些诗什中也透露石竹山尚有羽人存在。如宋-陈遂《朝斗岩》诗有句云：“星移琼简露，月落羽衣风。“因此，南宋石竹山虽无灵宝观，但不排除仍有道士住山。从南宋九仙祈梦习俗已盛行的历史看，石竹山此时可能已开始兴起以九仙祈梦为主的有特色的道教活动。

    石竹山的佛教代表建筑在《三山志》中名“石竺院”，但在明弘治黄仲昭《八闽通志》中已载名“石竺寺”，院升为寺应是规模的扩大。《八闽通志》又注明石竹寺“见存”，可见，至弘治年间，石竹寺仍是福清邑内比较重要的一处佛教寺院。但是明末福清高僧如一的《福清县志续略》“寺观”类中却未见著录石竹寺。如一在石竹山不载石竹寺，唯记载石竹山有佛寺“白云庵”，另载有一“显镜寺”，“在石竹右”。如一在《福清县志续略-凡例》中说明：“寺观祠宇，兴替不齐，莫可稽考，现存者书之”。“其著称自昔者备书，以便祈祷，志寺观”。由此可见，明末清初乃是石竹寺的式微时期，以致被如一略去不载。

    但是我们却知道，石竹寺在此前确曾一度兴盛过，这是由于明万历间归乡的叶向高募缘重修之故。因此，我们可以看到明清石竹寺经历了这么一个盛衰反复的过程：弘治时（1488-1505）还比较兴盛，以后开始衰败；万历间（1573-1619），经叶向高劝缘重修；一度恢复元气；崇祯（1628-1644）至康熙年间，石竹寺又衰落下去；清乾嘉以后，因得梦如、世德等禅师的重修，石竹寺又得得兴，绵延至今。

    而灵宝观自宋绍圣二年移至玉融山后，实已不属于石竹山，这里顺便考察其废弃年代。从史志记载看，城南灵宝观也一直是奉祀林真人的，并在南宋数度重修，成为本县得要的道教活动场所。但是至明弘治《八闽通志》，“灵宝观”已明确被注为“废”（卷75），可见灵宝观“类虽仍见著录，但在该书卷宗的“山川”中又载：“玉融山------旧有灵宝观”云云，“旧有”一语也说明该观其时已废，至清代县志，遂再未见录灵宝观了。可见，石竹山迁至玉融山的灵宝观宋代曾兴盛一时，至明末已完全衰废。