蓬莱古船博物馆位于蓬莱水城小海的西南部，是蓬莱阁景区中一个极具特色的景中之景。不同于一般意义上的博物馆，有着醒目的建筑物，它从外观上看，就是一块凸起的绿地。顺着一道普通的大门走进去，却别有洞天，展馆主体设于地下。
   蓬莱水城所在的港口古称登州，宋元时期乃至之前是国内四大重要口岸之一，是我国对外交往、海上丝绸之路北方的主要通道。明朝始，成为我国最重要的海防基地，后因淤泥堆积逐渐失去口岸功能。
   1984年和2005年，随着两次大规模的清淤，千年古船及大量珍贵文物破土而出，重见天日。为了真实地再现水城的历史原貌，展现水城昔日的风采，使参观者能够完整、全面地了解水城，设计者们构思巧妙地将博物馆建在文物挖掘原址之上使得这些文物依然可以静卧大海之中，仿佛从未曾离开，也终将不会离开属于它们的地方。
   整个馆区分为昔日回眸、瑰宝再现、船业史话以及体验互动和室外展示区四个部分。
   在昔日回眸部分，以唐朝为历史背景，通过对古登州港周边主要商业街区以及建筑物的复原，辅以众多形态各异、栩栩如生的人物塑像，宛如时光穿越，逼真、形象地把我们带到了那个商贾兴盛繁华、百姓富庶安康的生活场景；同时，又通过著名的历史事件场景的再现，为参观者讲述了中日朝三国在经济贸易方面的往来和文化上的交流与互动。
   瑰宝再现可谓展馆的主要部分，两次挖掘出土的四艘古船格外吸人眼球。一号古船略微悬空，是一艘明朝战船，长达32.2米，是迄今为止发掘出土的古船中最长的一艘；有意思的是，二号和三号古船属于货船，就安置在发掘原址，将古船沉积淤泥之中长达千年的历史沧桑感毫无保留地呈现出来，激起人们一探究竟的冲动，其中三号古船是典型的韩国货船。除此之外，展馆中多达9000多件的展品中，紫檀舵杆、黄花梨造船木、木锚、云龙纹白釉罐、宋耀州窑刻牡丹纹执壶、碗口炮堪称国宝级珍贵文物。这些文物质地名贵、造型考究、工艺精湛。它们来自于不同的地域，证实了古登州口岸海上交通的频繁与广泛。
   在一座超大型展台上，有一艘大船格外引人注目。只见木质的船身，尽管还只是个框架，几乎每一部位都有着忙忙碌碌的施工人员。他们全神贯注，无论哪个环节、哪道工序都一丝不苟。船下站着几名官员，他们也同样恪尽职守，精益求精地严把质量关……人物表情灵动传情，肢体动作到位逼真，惟妙惟肖地刻画出1000多年前，人们充满激情地造大船的热火朝天的场面，显示出了那一时期高超的造船和航海技术，颇感自豪和骄傲。
   博物馆最后一部分设在室外即地上。将出土的三艘古船参考史料，按一比一的比例完整地复制出来。威武的战船、超大的货船，无不重现了古船的雄风。无论远观近睹，都仿佛穿越了千年时光，亲眼见证了水城昔日的辉煌。