孔子，按照先秦时代的姓氏制度，姓子，孔氏，名丘，字仲尼。孔氏是子姓族人中的一个支派，孔是这个支派的徽号。汉代之后姓、氏不再区分，故人们也说孔子姓孔。孔氏之所以用“孔”为氏族之号，与孔子的祖先孔父嘉有关。按照五氏亲尽，别立为宗的规定，孔父嘉的后人需别立为一个宗支，自成一世系。孔父嘉后人所立宗派，以什么为氏号呢？他们采取了以孔父嘉的字为氏号的做法。孔父嘉，名嘉，字孔父，所以孔父嘉的后人便取“孔”字为氏号。“孔”字的含义是什么呢？一说是“子（姓）”和“乙（燕子）”合成。《诗经·商颂》曾说：“天命玄鸟，降而生商。”传说帝喾之妃简狄吞燕（乙）而生殷（商）人的始祖契。契长，富有才干，尧舜之时为司徒，掌教化百姓，还曾“佐禹治水”。因其辅佐尧舜有功，被封于商，赐姓“子”。玄鸟，燕子，即“乙”。《广韵》说：“赐姓子氏，至成汤以其祖吞乙卵而生，故名履，字太乙，后代以‘子’加‘乙’，始为孔氏。”孔，燕（乙）卵（子）的意思。或说“乙”为子姓的族徽。一说“乙”为龙的形象，子姓以黄帝为始祖，而黄帝子孙为龙的传人，故子姓商人便以“乙”（龙）与“子”（姓）相配而成“孔”字，并作为该氏之号。

《礼记·曲礼》说：“名子者，不以国，不以日月，不以隐疾，不以山川。”孔子的名、字之中却含山名“尼丘”。孔子的父母为何这样给孔子取名定字呢？司马迁说，孔子“生而首上圩（wei，二音）顶，故因名丘”。即孔子头顶部四周高而中间凹，就像尼山周边四峰高而中峰略低那样，所以取名为丘，字为仲尼。《白虎通·姓名》说：“孔子首类鲁国尼丘山，故名为丘。”《孔子家语·本姓解》则说，因为孔子母亲“以夫之年大，惧不时有男，而私祷尼丘之山以祈焉，生孔子，故名丘而字仲尼”。即因为“祷于尼丘而得孔子”，所以为孔子取名为丘，而字为仲尼。今人多取《孔子家语》之说。“仲”是第二的意思。孔子在兄弟排行中为第二，故在“尼”前加“仲”字表示。正因为孔子排行第二，所以古人今人中都有人称孔子为孔老二。孔子这一称呼，则是孔子年长成名后人们对他的尊称。