公元七五九年冬天，杜甫为避安史之乱携家带口由陇右入蜀辗转来到成都，次年春在友人帮助下于成都西郊浣花溪畔修建茅屋居住，一年后茅屋落成，称为成都草堂，杜甫一家人在此先后居住将近四年。后来好友严武病逝，失去依靠的杜甫只得告别成都辗转他乡，两年后经三峡流落至荆湘等地。杜甫离开后草堂倾毁，唐大历年间被时任四川节度使崔宁的小妾据为私宅，直至五代前蜀时诗人韦庄才寻得遗址，思其人成其处，重结茅屋使之得以保存，宋代重建并绘杜甫像于壁间，始成为祠宇。此后屡废屡兴，其中明弘治十三年和清嘉庆十六年两次重修基本奠定今日之规模和布局。明末张献忠起义军入川，草堂毁于兵火，清代康熙、雍正、乾隆、嘉庆朝均对草堂进行过重建和修缮。民国后期地方军阀混战对杜甫草堂破坏很大，祠宇门窗和亭台水榭均被拆毁，所悬挂楹联匾额损失殆尽，工部祠内的杜甫塑像也遭到风吹雨淋，草堂寺僧人无奈给雕像戴上斗笠。一九五二年杜甫草堂又经全面整修完善后，正式对外开放至今。