日本教科书不仅歪曲了钓鱼岛，独岛等他国历史，还歪曲了太平洋战争当时冲绳居民被日军逼迫集体自杀的本国历史。冲绳县议会已向自由社等出版社提出抗议，并决定发表声明抗议文部科学省歪曲历史的行为。由此可见，日本国内围绕歪曲历史教科书问题的争议也愈演愈烈。

太平洋战争末期，日本军队从美军登陆冲绳的1945年4月1日至6月23日展开了83天的战斗。但是，日军敌不过美军猛烈的火力，所以决定“宁为玉碎，不为瓦全”。于是他们以间谍罪等罪名杀害冲绳居民，并分发手榴弹强迫一些人集体自杀，或者让家人之间互相掐脖子将对方掐死。据推算，当时死亡的冲绳居民约达 12万人。

但《朝日新闻》31日报道称，此次通过审定的7种初中历史教科书中，除东京书籍的教科书外，其余6种教科书都没有如实记载日军强迫冲绳居民集体自杀的事实。东京书籍的教科书在介绍冲绳死难者后指出：“有些人被日本军队逼迫集体自杀。”但教育出版的教科书写道：“有人因涉嫌间谍而被杀害，还有人集体自杀。”自由社写道：“发生了被逼的居民以家人为单位集体自杀的悲剧。”育鹏社也写道：“有人无处可逃并集体自杀。”丝毫没有提及是日军强迫这件事的事实。特别是，自由社写道：“没有一个国家在战争中没杀害过非武装平民。”这种说法可能会让人怀疑冲绳居民可能是被美军杀害的。对于这种歪曲历史的做法，日本文部科学省没有提出任何审定意见，便予以通过。

琉球大学名誉教授高嶋伸欣接受《冲绳时报》采访时表示：“初中生看了这样的书以后，会产生因为是战争所以不免会有人牺牲的认识。冲绳人的牺牲是日本人有组织屠杀本国国民的事件。”冲绳历史学家分析称，当时居民中有四分之一死亡，其中绝大部分是被日军逼死的。琉球大学教授山口刚史表示：“正如自由社教科书中记载的那样，满洲和塞班也发生过集体自杀事件。但冲绳事件和其他地区的不同之处在于本国军队杀害了本国国民。这是在日本军队逼迫下发生的事情，应该如实记载这一点。”

4年前审定高中历史教科书时，日本文部科学省曾提出审定意见要求删除“日本军队逼迫集体自杀”的部分，所以出版社一致删除了这一部分，当时引起了冲绳居民的强烈抗议。