A企业收购B企业全部股权，该项收购属同一控制下的股权收购（A，B企业由相同的个人股东控股），收购价为1000万（等于B企业的注册资本，也等于原股东投入价），收购日B企业可辩认净资产账面价值为1800万，A企业按会计准则确认了长期股权投资初始成本1800万元，以及资本公积（溢价）800万。
    2年后，A企业将B企业清算注销，B企业清算形成的剩余净资产1900万元均已由A企业收回。为此A企业确认了投资收益100万元（1900万-1800万）。请问，在注销当年，A企业应确认的应税所得是100万，还是900万？
    本人认为应为900万，根据《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）四、（三）企业股权收购、资产收购重组交易，相关交易应按以下规定处理：1.被收购方应确认股权、资产转让所得或损失。2.收购方取得股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定。3.被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。五、企业重组同时符合下列条件的，适用特殊性税务处理规定：（二）股权收购，收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的75%，且收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，可以选择按以下规定处理：1.被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。2.收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。3.收购企业、被收购企业的原有各项资产和负债的计税基础和其他相关所得税事项保持不变。
    可见，如果是一般性税务处理，股权的计税基础是公允价值，即1800万，清算时A企业应确认的所得为100万元，但B企业的原股东需确认股权转让所得800万元；如果是特殊性税务处理，则股权的计税基础是B企业股权的原有计税基础，即1000万，清算时应确认的所得为900万元。

作者：yongboy（http://bbs.esnai.com/thread-4898930-1-1.html）