藻类如绿藻门的海藻体内含有叶绿素较多，它可利用红光和部分紫光，就生活在5—6米水深之处。在这个水深内是以绿藻门的海藻占优势的海滨水底植物。褐藻门的藻类体内含有藻褐素较多，它能利用橙光及部分黄光，在30—60米水深之处，褐藻占优势，是浅海底植物。红藻门的藻体内含有大量的藻红素，它主要利用绿光和黄光，这些光可透入海水百米深，在百米深之处主要是红藻
    红藻中含有一种特殊的辅助色素，这就是藻胆素，它是一种水溶性的辅助色素，可以与藻红蛋白和藻青蛋白结合，分别叫做藻红素和藻蓝素，藻红素分别在  500 纳米、540 纳米和  566 纳米处有 3个吸收高峰，结果几乎所有的绿光都被吸收，所以很多红藻毫无绿色可言。红藻能够吸收绿光，对环境的适应有重要的意义，当阳光中的蓝光和红光大部分被海水滤掉后，生活在海洋深处的红藻依旧可以利用绿光进行光合作用，美国科学家曾经在水深 260  多米的海洋中采集到生长良好的红藻，那里光的强度只相当于海面光强度的万分之五。在浅海地方，藻蓝素的含量要高得多，红藻光合作用吸收的绿光也就少得多，这里生长的红藻有时仍呈现出淡淡的绿色。
色素体中除含叶绿素a、d、胡萝卜素、叶黄素外，还含有特有的辅助色素 红藻藻红素和红藻藻蓝素，一般前者含量多，后者含量少(这2种色素与蓝藻藻红素c-phycQerythrin、蓝藻藻蓝素c-phycocyaHn性质高度一致)。

    红藻藻红素已被确认为光合色素，能有效地利用海水中的蓝色光线。这两种色素的形成和分解受光的强度的影响。强光对红藻藻蓝素的形成有利而对红藻藻红素的形成有阻碍，甚至有分解作用。因此，色素的含量和比例不但因种而异，也因环境相季节而变化。所以一般生长在淡水中的红藻，如串珠藻属和鱼子菜属呈深绿色或蓝绿色；生在海滨区的红藻则呈紫色、紫红色等;生在深海中的红藻呈粉红色或亮红色。