寺内所藏文物极其丰富，其中尤以经书最为著名。萨迦寺的图书资料集中在三个地方，即北寺的“乌则”、“古绒”的藏书室和南寺的大殿，藏书的总数约有24000函左右。

除藏有大量古藏文抄本外，还有为数不少的梵文贝叶经和汉文经卷。这些经书部部都由金汁、银汁、朱砂或墨汁精工写成。

这里还藏有一部明永乐八年附有御制后序的内地印制《华严经》。北寺“古绒”藏有天文、历算、医药、文学、历史等方面的藏文书籍3000函，其中很多是宋、元、明各代的手抄本和稿本，而且多为历代法王批注校释过的珍本。现在保存完好而又为人们特别珍视的要算南寺大殿法墙中的藏书，大殿后部和左右两侧靠墙处为通壁大书架，架上摆满了经文典籍，大小版本约有2万余函，其中最大一部名为“八千颂铁环本”经书，长1.31米宽1.12米。

据不完全统计，萨迦寺的各种佛像约有两万多尊，其中很多系元、明以来的珍贵文物，其中铸有“大明永乐年施”款识的铜佛有数十尊。

萨迦寺有四件珍奇的宝物，即贡布古如（由竹青白瓦巴从印度请来的依怙神像胶）、朗结曲丹（由大译师帕白洛扎瓦修建的佛塔，塔里经常出水，被视为神水）、文殊菩萨像（系萨班的本尊像，据说在像前念七天文殊经就能打开智慧之门）、玉卡姆度母像（八思巴供奉的本尊佛像），四大奇宝中三件是佛像。萨迦寺的镇寺之宝是当年忽必烈送给八思巴的一个黑木匣子，匣中有一只硕大的白皮书海螺，寺中僧人视其胜于生命，只有宗教吉日才开启木匣，捧出海螺由高僧吹奏。萨迦寺收藏的各种瓷器约有２０００余件，其中多为元、明时期的瓷器，也有少量宋瓷。唐卡和壁画是西藏寺院绘画艺术的两大奇葩，萨迦寺仅唐卡就存有３０００余幅，据鉴定，宋、元、明时期的珍贵唐卡有３６０余幅。萨迦寺壁画色彩鲜艳、形象生动，除了宗教内容外，壁画还记录了八思巴来往内地和西藏，在北京受封等场面。萨迦寺藏有萨班的袈裟一件，翠红金丝缎面、红绸里、绣花鞋一只，系内地制品，八思巴遗物有凉帽一顶，鞋三只，也系内地制品。此外，该寺还珍藏有元代武器多件，都是极为珍贵的历史文物。

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萨迦寺的镇寺之宝是当年忽必烈送给八思巴的一个黑木匣子，匣中有一只硕大的白皮书海螺，寺中僧人视其胜于生命

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