从压经塔往东走，有个“藏经纳宝”、“祈福迎祥”月亮门，里面是石经地宫院。院内有1999年建成的石经地宫（建在原石经出土地宫之上）和南、北游廊。

石经地宫珍藏的石经是云居寺“三绝”之三。在石经地宫，珍藏的部分石经可以透过玻璃窗观看。

云居寺的开山鼻祖静琬大师在经历过南、北朝灭佛活动后，发愿将他见到的佛经全部雕刻在坚硬的石头上，为的是日后再次佛教遭遇灭顶之灾时，这些石刻经书可以让佛法不灭。在云居寺和石经山发现的“石刻佛教大藏经”始刻于隋大业年间（605年），隋、唐代石经共4196块，于1956年珍藏在石经山九个藏经洞内，另有辽、金代石经共10082块，于1999年珍藏在石经地宫内。发现的这些石经共3500万字，且无一漏字、错字。云居寺石经是可与万里长城、京杭大运河媲美的三大人工巨大工程之一。