进入第五进院的照门，就是云居寺最高的院落了。照门连有游廊，南游廊内有云居寺舍利传奇介绍，北有游廊内有云居寺静琬、圆通等高僧的介绍。照门对面是大悲殿。

大悲殿供奉千手千眼观音菩萨，千手表示护持众生，千眼表示观照世间。

大悲殿南侧是佛祖舍利堂，舍利是梵文sariar的音译，意为尸体或身骨，是释迦牟尼遗体火化后结成的珠状物，佛祖舍利是云居寺的四宝之三。佛祖舍利堂中供奉的是1990年6月3日在开天舍利塔中出土的白色骨舍利（佛祖舍利中数赤色肉舍利最为珍贵，云居寺雷音洞出土的赤色肉舍利保存在北京博物馆）。

大悲殿北侧是藏经阁（未开放）。

大悲殿前南侧有一块石碑，“西域山大云居寺重修大悲殿记”碑，立于道光八年（1829年）。大悲殿前北侧有2块石碑，一块是“永远流芳功德”碑，立于清咸丰元年（1851年），记述胡君给云居寺捐地一事，另一块是“云居寺大悲殿碑记”，立于清乾隆八年（1743年），碑阳记述云居寺了尘住持重修大悲殿之事，碑阴记述重修小西天宝藏磨崖。

大悲殿的南北配殿都是铝经阁，南铝经阁展出部分“金刚般若波罗蜜经”铝雕经板（铝经），北铝经阁（妙法莲华经馆）展出部分“法华经”铝经。铝经是继石经、木经、纸经后的第四种形式（云居“三绝”变“四绝”了）。北铝经殿还展有辽代的开天舍利塔。