一进院是个很大的院落，首先看到的是木牌楼，上面的蓝底金字“千年古刹”是赵朴初题写。牌楼下放置有“万事如意”，牌楼旁还有赵朴初亲植的2棵柏树（吉祥树）。

正面是云居寺的主殿-毗卢殿，供奉的主佛-毗卢遮那佛是一尊明代铸造的紫铜佛像，重4.5吨，云居寺四宝之一，毗卢遮那佛是三身佛的法身佛。殿年还供文殊菩萨。云居寺的法事活动均在毗卢殿举行。

毗卢殿前有2块立于清康熙三十七年（1698年）的石碑，分别是“重修范阳白带山云居寺碑”和“范阳郡白带山云居寺溟波和尚碑记”。

毗卢殿前南边的鼓楼和北边的钟楼均高9.8米，鼓楼内挂有法鼓，钟楼内挂有一口铸于清乾隆四十年（1701年）的大钟，重1.7吨，名为“云居古钟”（云居寺四宝之二）。

毗卢殿南侧有一块大石雕，佛说法变相图。北侧尽头西墙上写有“南无阿弥陀佛”大字，墙下有5块石碑（民国十五年-1926年的“真修慕缘功德碑”，光绪三十三年-1907年“善会功德碑”，宣统二年“云居寺地藏阁碑”，民国五年-1917年“朝山进香碑”，乾隆四十五年-1780年“施财置地斋僧功德碑”）。

一进院的北侧有一个茶馆，茶馆方亭下有一口僧人舍粥用清乾隆十一年（1746年）的“大铜锅”（大铜锅增寿），南侧有“曲径通幽”竹林小道（通往南路）。