牡丹院在千佛阁的北边，原是清代康熙皇帝的行宫（北宫院），后是清道光皇帝第六子恭亲王奕忻在潭柘寺养病避难（被慈禧罢官）十年（清道光十年-道光二十年，1884-1894年）的居住地，因院内广种牡丹而称为牡丹院。

牡丹院是个两进四合院，坐北朝南。进门后迎面是坐落在一片假山前的恭亲王塑像。前后院以垂花门相连，后院是茶社。

牡丹院外东有一棵恭亲王题写“卧龙松”石碑的古松和一棵“狮虎象柏”。“卧龙松”是潭柘寺最美的一棵辽代古松，它粗大的树干横卧到石雕栏杆之外。古柏的树干有一块大树疤，近看似虎头，远观似大象，右下部的树疤又像一头狮子，故称为“狮虎象柏”。