紫竹禅院始建于明万历五年(1577年)，万历生母李太后（慈圣皇太后）遣司礼监掌印太监冯保（号双林）建万寿寺的同时，也建了万寿寺下院，即现在紫竹禅院的前身，供奉观音菩萨，属于佛教寺院。清乾隆十六年（1751年）时，在下院东侧新建紫竹院行宫，并将下院独立，更名为“紫竹禅院”。光绪十一年（1885年）重建了紫竹禅院，曾一度改佛教禅院为道观，称为“福荫紫竹道院”。后又改回佛教禅院，与行宫合称为“福荫紫竹院”。

紫竹禅院是佛教寺院，坐北朝南，整体布局为二进院落。山门殿（天王殿）前有2个石狮和2块清光绪十一年（1885年）立的石碑（《重建紫竹院碑记》和《福荫紫竹院碑》），山门殿供奉弥勒佛，两侧有四大天王，后面是护法神韦陀。

第一院落有主殿大雄宝殿和东西配殿。大雄宝殿供奉三世佛（佛祖释迦牟尼、阿弥陀佛、药师佛）和二胁侍（迦叶、阿难），两侧有十八罗汉，后面是普陀观音。大雄宝殿前有廊钟、廊鼓，一尊香炉和2棵七叶树。伽蓝殿（东配殿）供奉关羽、周仓、关平（关羽之子），两侧有文昌、龙王。祖师殿（西配殿）供奉三位祖师：达摩、迦叶、慧能。