后进（第三排）院落从西到东依次为后西斋、后进西厅、祖堂、后进东厅、后东斋，两边还有后西厢和后东厢，与中进（第二排）厅堂形成四合院。

祖堂是清光绪十六年（1890年）建成的，比首进门堂和中进聚贤堂都早。祖堂用于供奉祖先牌位，正中是陈氏元组舜帝。每年农历二月初四和八月初四陈氏族人都要在此举行春秋祭祀。祖先牌位的位置是根据所出资金数额的多少而确定，传说曾有一万多个，但文革时被焚毁。祖堂内正中有五个八米高的木制神龛，神龛前摆放着五供（五件一套的器皿）。堂内楹柱上刻有2幅对联。

后进东、西厅于光绪十八年（1892年）建成，也是供奉祖先牌位的场所，分别有三个八米高的木制神龛。后东、西厢是供陈姓子弟在省城应考、办理事务等临时居所。连通三进院落的是青云巷（两边是青砖山墙的通道）。

祖堂的后堂墙上有“福寿双全”图案（一个金色“寿”字两边是两个红色蝙蝠）。祖堂后面的后院有“说书”、“过大秤”铜像和一口古井。