万古霉素是具有抗生素后效应的时间依赖性抗生素。24小时药物浓度时间曲线下面积（AUC₂₄）/MIC（AUIC）是评价和判断的理想指标。抗菌作用与MIC值的关系并不明确，传统的概念是监测峰浓度和谷浓度值判断万古霉素的临床疗效，更多的临床实践证实其抗菌作用与浓度关系不大，而是与曲线下面积与最低抑制浓度比值（AUC/MIC)这个参数有关。谷浓度可作为AUC₂₄的替代指标，使得临床上可行。

检测时间：多数患者达到万古霉素稳态血药浓度的时间一般是在第4个剂量前达到，所以推荐在第四次给药前检测血药的谷浓度（证据等级Ⅱ，推荐强度B），在第四次给药前采血监测。

耐药性问题：金黄色葡萄球菌暴露于万古霉素谷浓度＜10mg/L时，容易产生具有万古霉素中介的金葡菌（VISA)现象，因此推荐其血药浓度谷值应保持在>10mg/L，以避免发生耐药。（证据等级Ⅲ，推荐强度B），英国指南建议15-20mg/L，因种族上的差异，我国的专家共识没有做这样的强调。

持续给药还是间歇给药：既然是时间依赖性抗生素，理论上持续输注效果更好，但实际上并没有证据表明持续输注的抗菌效果优于间断给药，但持续输注可以降低老年人肾毒性的风险。

是否首次给药需要负荷量：没有这个必要，因为没有证据表明实施负荷量可以增加患者生存率，所以一般不建议给与负荷量。

万古霉素最低抑菌浓度“漂移现象”：还存在着争议，世界上部分国家的专家基于本国的研究结果，认为并不存在着漂移问题。

肾毒性：随着药物生产工艺的改善，万古霉素的肾毒性已经很低，但>60岁的老年人，谷浓度水平较高者，发生肾损害的事件是可以有的。现有证据不支持监测万古霉素峰浓度以减少肾毒性的发生。

耳毒性：单用万古霉素的耳毒性很少发生，多合并使用其他耳毒性药物情况下，例如合用氨基糖甙类药物等。