@Conda  好久好久没有碰过R语言了，正巧赶着今天要汇报，休息了一周后感觉没东西汇报，赶紧看了点文献，编了个proposal应付下。言出必行，既然做了计划，那就得完成。赶巧这事需要去极值。其实老早就打算写个R脚本自动去极值，但是人毕竟还是懒的，今天没办法了，于是自己写一个吧，写的挺简单的，也算是抛砖引个玉，这个脚本最主要是用了while函数，其实在写R脚本里面，while函数用得很少。这里将while函数拿出来，用一下，大伙有更好修改意见的，可以提出来，咱一起改进。

library(outliers)

####Set parameters######
######set input file name
file = "CHI/pheno.txt"
######set which column will be used
index = 3
######set threshold
threshold = 0.05

outfile = paste(file,"remove.outliers",sep=".")
x = read.table(file,header=T)

p=0
while(p < threshold)
{
  est = grubbs.test(x[,index])
  p = est$p.value
  if(p < threshold)
  {
    x = x[abs(x[,index]) != max(abs(x[,index])),]
    cat(est$alternative,", remove it.\n",sep="")
  }
}
write.table(x,file=outfile,quote=F,row.names=F,col.names=T,sep="\t")

代码主要是用了outliers包，采用的grubbs检验。没有对具体检验方法设定太多的参数，就设定一些简单参数，能用就行。毕竟项目重点不是这个脚本，这也只是冰山一角而已。