“药理”一词，最早见于《本草经集注》。“药理既昧，所以不效。”属于中药药理内容的四气五味、有毒无毒、君臣佐使、七情合和等基本理论内容，则最早见于《神农本草经》。但直到北宋，本草书各药之下虽注明性味良毒、君臣、七情等，并没有将药效与上述理论原则联系起来。倒是巫药、道家用药的一些零星理论解释还散见于先秦以来的典籍之中。可以说，中药理论的发展远远滞后于医学理论。将《神农本草经》中的简单药理原则用于解释具体药效的药理体系，直到北宋才肇始。北宋初年的《开宝本草》，已经运用性味药理解释药效。例如“龙眼”条解释其别名“益智”，“盖甘味归脾而能益智”。不过类似的药效解释比较零散，没有体系化。北宋末，宋徽宗赵佶《圣济经》(1118)中专门设有“药理篇”，为中医最早的药理专论。
　　《圣济经·药理篇》的药理说可归纳为“性味”和“法象”两大部分。“性味”论就是《神农本草经》所载的四气五味之类，属于药物的内在性质。而“法象”则是药物的外部现象，其中既包括药物基原外部特征（外形、颜色、质地等），也涉及基原的习性、作用、自然界物种之间的克制关系等。例如虻虫饮血为生，故用于治血。弩牙（弩箭的扳机）用于顺利快速分娩，就是利用它一发而不收的作用。鸬鹚制（制服）鱼，所以用来治鱼骨鲠喉；老鹰制狐，所以用来治疗狐魅邪祟。诸如此类的药理解释在《圣济经》中大量出现。
　　“法象”药理是中医早期“援物比类”思维法的产物。这部分内容在《神农本草经》中非常薄弱。但巫药的“万物有灵”、道家用药的“假（借）外固内”等用药思想与“援物比类”有千丝万缕的联系。《圣济经·药理篇》通过“性味”和“法象”二名，将以往本草家和非本草家的用药理论融于一炉。

    “性味”药理说可称之为“经验药理”，而“法象”药理说可称之为“文化药理”。后者着眼于药物的外部特征或附属的文化特质（由象形比类产生的各种思维联想），其内容经常随不同时代的文化熏染而变更。“法象”药理堂而皇之地进入中药药理殿堂，和科学性较强的“性味”药理各占一席之地，从而使中药药理具有很强的人文特征。北宋儒学重格物穷理，此风也渗入医药界。“法象”药理的介入，无疑扩大了格物穷理的范围。但“法象”药理毕竟不是中药药理的主流。故当时的医家认为：“古人究物，取形色法象者众；良医用药，取形色配合者稀。”

    至金元时期，药理体系构建中逐步形成，其中，最富有成效的是易水学派领军人物张元素及其弟子李东垣。张元素在《珍珠囊》中提出的药理体系，有很多新的总结，分出了更多的层次。他把用药与时、卦、季节等联系在一起，用一个图构成了他独特的药理模式。其中最突出的进展有如下几个方面：
　　（1）建立了药物的归经、引经体系：所谓药物“归经”，就是某药能入某经发挥治疗作用；而“引经”（或名“引经报使”）则是某经之病，可由某药的指引，带领其他药共同奏效。药物归经、归脏腑，甚至归身体某一部分的记载在北宋及其以前早已有之（见《药性论》、《本草图经》等书），但都是零星记载。在金代张元素之后，归经才成为后世本草中药物性味之后的一个重要内容。决定药物归属何经，主要依据实际疗效，但也可以从其形色气味等推导而来。至于引经药物，则是张元素、李东垣等根据诸药主治而人为赋予的功能。
　　（2）讲求药物的升降浮沉：药物各有其作用趋势，或上行、或下降。这种升降浮沉又与药物的气味厚薄、质地轻重等有密切的关系。
　　（3）将人身法象和药物法象相联系：也就是根据药物的外形来推导它与人身相应部分的治疗关系。李东垣继承了张元素的药理说，他在“用药根梢身例”中提出：“大凡药根有上中下。人身半已上，天之阳也，用头；在中焦用身，在身半已下，地之阴也，用梢。述类象形也。”像这样的药理说，即把自然界、人身、药物的“法象”结合在一起，用于推导药物的功能和主治范围。
　　李时珍对张元素的《珍珠囊》非常推崇，认为他“辨药性之气味、阴阳、厚薄、升降浮沉、补泻、六气、十二经，及随证用药之法……大扬医理，《灵》《素》之下，一人而已”！