企鹅馆在海兽剧场旁边，面积共有五百多平米，分为观展厅和饲养厅两部分。观展厅可以容纳四百余游客，装饰成冰天雪地的极地景观，除了惹眼的企鹅，还有北极熊和海象图案。

“企鹅房”大约有70平米，仿照南极环境建成，分为岸上、水上两个活动区域。给人以凉爽舒适的感觉。这里的“黑足企鹅”平时在洁白的“冰川”上进餐、睡觉和玩耍，也可以一个猛子扎到水里游泳。企鹅们的一举一动，透过宽大的落地玻璃可以看得一清二楚。

“黑足企鹅”学名“斑嘴环企鹅”，体重约3公斤多，分布于非洲南部沿岸，因叫声像驴子而得名“驴子企鹅”。 “黑足企鹅”走起路来摇摇摆摆，看上去就像一个大腹便便并且穿着时髦燕尾服的绅士，憨态可掬，令人捧腹。

六百平米的“梦幻水母馆”展示有十余个品种的两千余只水母，它们的色彩与形态各异，犹如盛开的花朵，绚丽无比。

“梦幻水母馆”使用亚克力玻璃展缸展示水母，配以梦幻多变的灯光，让游客在这里能够尽情欣赏这些精彩绝伦的海洋精灵。

水母和鱼类不同，对水质和水温的要求极高。除了水质要达到一级标准外，不同的水母饲养水温还分了5、12、14、23等多个档位。水母的生命周期有的只有3个月到5个月，最长的也只能存活14个月，所以饲养水母的成本比较高。