原建筑后来被毁，目前的赤崁楼是在原址之上兴建的中式祠庙，主要包括海神庙、文昌阁等建筑。

中国历史虽然卷帙浩繁，但总体上记录的是帝王将相，对占大多数的老百姓的生活状态及迁徙定居很忽视，所以史书中很难找到早期汉族人在台湾岛垦殖开发的记载。日治时期，连横出版的《台湾通史》认为曾流亡日本的海澄县月港人颜思齐是招徕漳泉移民对台湾进行大规模的有组织的拓垦的"开台王"，其开垦地点主要在现在云林、嘉义附加的北港溪沿岸。

荷兰人占据台湾的38年间，有当地土著居民及汉族垦殖者的多次反抗，其中郭怀一曾率众攻打这座罗民遮城，但最终都被镇压下去。郑成功依靠其强大的军事武装才迫使荷兰人投降，收复台湾，并开启了明末清初的大规模移民开发。汉族人在台岛的垦殖开发及实际占据，使这个海岛事实上变成中国的固有领土。