据台湾媒体二十一日援引日本媒体报道，防卫省针对这项事件除搜集邻国潜舰的动向并要求美军的协助，达成的结论是，问题海域在当时近乎没有他国潜舰存在的可能性，加上，足折岬外海是鲸鱼生存地，因此判断有可能是把鲸鱼的背鳍误判为是潜舰。不过，并未有断定是鲸鱼的证据。

    防卫省于十四日下午宣布，海上自卫队神盾舰“爱宕号”于同日清晨六时五十六分，目视确认丰后水道周边的日本领海有“类似潜望镜”的物体，经由声纳探测约三十分后判断“是潜舰的可能性高”，但是，并未发现显示螺旋桨等声音特征的声纹。

   报道引述有关人员的发言指出，站在“爱宕号”舰桥外的炮长以目视发现约一公里外有类似潜望镜的物体，约十秒后通知身旁的舰长，舰长确认逐渐消失于水面下的类似潜望镜的物体以及该物体在水面上造成的水波。“爱宕号”随即朝“类似潜望镜”出现的方向航行并发出声纳探测，有两次探测到移动物体，但是，回声都是来自领海之外，距离现场很远的地点。

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难道“不明国籍潜艇”指的是鲸？

    日方在发现不明潜出没领海外，除“爱宕号”之外，并派出 P3C反潜机及三艘护卫舰等全力追踪，防卫大臣林芳正对发生此事表明遗憾，首相福田康夫则下令全力搜查，查明真相。日本军事专家曾公开指出，会入侵日本领海的定是中国海军，中国曾对日方提出抗议。